毛細管區帶電泳儀（CZE）的整個系統用同一種緩沖液充滿，帶電粒子的遷移速度是電泳速度和電滲流速度的矢量和，分離條件包括緩沖液、添加劑和工作電壓等。
一、緩沖液：
CZE分離過程在緩沖液中進行，緩沖液的選擇直接影響粒子的遷移和分離。緩沖液的選擇須遵循的要求：
1、在所選擇的pH范圍內有很好的緩沖容量。
2、在檢測波長處無吸收或吸收值低。
3、為達到有效的進樣和合適的電泳淌度，緩沖液的pH值至少必須比被分析物的等電點相差l個pH單位。
4、自身的淌度低，即分子大而荷電小，以減少電流的產生。
5、只要條件允許，盡可能采用酸性緩沖液，在低pH值下，吸附和電滲流都很小，毛細管涂層的壽命較長。
二、添加劑：
CZE分離中，常在緩沖液中添加某種試劑，通過它與毛細管壁或與樣品溶質之間的相互作用，改變管壁或溶液的物理化學特性，進一步優化分離條件，提高分離選擇性和分離度。
常用添加劑有表面活性劑、有機溶劑、中性鹽類、兩性物質和手性選擇劑等。
三、工作電壓：
電壓是控制柱效、分離度和遷移時間的重要因素。在焦耳熱可忽略的條件下，外加電壓增大，分離時間縮短，柱效和分離度提高。
電壓升高，產生的焦耳熱增多，在不能有效驅散所產生焦耳熱的情況下，柱溫會顯著升高，工作電流增大，柱效和分離度降低。除了采取有效的散熱措施外，選擇一種合適的條件，使在此條件下允許使用較高電壓，而不致產生過大的電流和過多的焦耳熱是非常重要的。一般通過作I－V曲線來選擇體系的外加電壓。