水樣分析電泳儀分類有多種。
1、按分離目的可分：實驗室水樣分析電泳儀和工業水樣分析電泳儀。
2、按分離裝置可分：水樣分析毛細管電泳儀和水樣分析芯片電泳儀等。
3、按靈敏性可分：微量水樣分析電泳儀和痕量水樣分析電泳儀。
4、按進樣自動性可分：手動進樣水樣分析電泳儀和自動進樣水樣分析電泳儀。
5、按分離規模可分：微型水樣分析電泳儀、小型水樣分析電泳儀和大型水樣分析電泳儀。
6、按分離特征可分：水樣分析電泳儀、高選擇性水樣分析電泳儀、高靈敏度水樣分析電泳儀和高分離度水樣分析電泳儀。
