一、薄層層析分離中的顯色：
薄層層析分離中的薄層板展開后，從展開裝置中取出，放入干燥器中干燥，然后根據被分離物質的種類和性質，選用相應的顯色劑顯色或用紫外光檢測被分離物質的斑點，測量和計算各斑點的遷移率。
樣品所含溶質較多或某些組分在單相薄層層析分離中的遷移率比較接近，不易明顯分離時，可采用雙相薄層層析分離。雙相薄層層析分離是將濾紙用一種溶劑展開后吹干，將濾紙轉動90度后再用另一種溶劑展開，待溶劑到達所要求的距離后，取出薄層干燥顯色，從而獲得雙相層析譜。采用雙相薄層層析分離，如果溶質在*種溶劑中不能完全分開，而經過第二種溶劑的層析后能夠完全分開，大大提高了分離效果。
二、薄層層析分離中的定量：
1、采用噴霧顯色時，不加粘合劑的薄層要小心操作，以免吹散吸附劑。
2、采用強腐蝕性顯色劑顯色時，這些顯色劑幾乎可以使所有的有機化合物轉變為碳，如果支持劑是無機吸附劑，薄層板經顯色劑噴霧后，被分離的有機物斑點顯示黑色。此類顯色劑不適用于定量測定和制備用的薄層。
3、如果樣品斑點在紫外光照射下不顯熒光，可采用熒光薄層檢測法，即在吸附劑中加入熒光物質或在制備好的薄層上噴霧熒光物質，制成熒光薄層，這樣在紫外光照射下薄層顯示熒光，而樣品斑點不顯熒光。
4、薄層邊緣含水量不一致、薄層厚度、溶劑展開距離的增大，均會影響遷移率，因此在鑒定樣品成分時，應用已知標準樣作對照。
5、定量時，可對斑點作光密度測定。也可將一個斑點顯色，把與其相同遷移率的另一未顯色斑點從薄層板上連同吸附劑一起刮下，用適當的溶劑將被分離的物質從吸附劑上洗脫下來，然后采用離心機分離技術進行定量分析。