1. 文章主題：環狀RNA通過靶向miRNA調控的信號傳導促進結直腸癌的轉移
發表期刊：Journal of pathology
影響因子：5.942
發表時間：201906
實驗方法：全轉錄組測序
實驗樣本：結直腸癌組織
肝轉移是結直腸癌（CRC）患者的主要死亡原因。作者使用全轉錄組測序在CRC肝轉移的小鼠模型中搜索CRC轉移相關的環狀RNA。確定了一種新穎的環狀RNA--circ-NSD2，能夠啟動CRC轉移。Circ-NSD2表達在CRC組織中升高，并在CRC患者的晚期或轉移性腫瘤中顯著增加。敲除和過表實驗證明，circ-NSD2在體外和體內均可促進CRC的遷移和轉移。從機制上講，circ-NSD2充當了抑癌基因miR-199b-5p的海綿，并激活了與CRC轉移相關的基因DDR1和JAG1。綜上所述，我們的發現了一種新型致癌環狀RNA--circ-NSD2,并揭示了circ-NSD2 / miR-199b-5p / DDR1 / JAG1軸在CRC轉移中的關鍵機制，可作為CRC患者抗轉移治療的預后因素和治療目標。
圖1. circ-NSD2 / miR-199b-5p / DDR1 / JAG1軸在結直腸癌轉移中的作用模式圖
2. 文章主題：電離輻射后293T細胞中lncRNA和mRNA表達變化
發表期刊：International Journal of Molecular Sciences
影響因子：4.183
發表時間：20190618
實驗方法：全轉錄組測序
實驗樣本：293T細胞
電離輻射引起的組織和細胞損傷通常具有很高的遺傳毒性。快速修復DNA損傷對于維持基因組穩定性和正常細胞健康至關重要。據報道，lncRNA在細胞的許多生理和病理過程中起著重要作用。該旨在分析lncRNA在輻射誘導的DNA損傷中的潛在作用。作者使用全轉錄組測序技術檢查了293T細胞輻射前后的lncRNA和mRNA的表達譜。所有樣品中共檢測到18,990個lncRNA和16,080個mRNA。照射后24h，照射組與對照組差異表達49個lncRNA和323個mRNA。使用qPCR驗證了六個lncRNA的表達變化。GO和KEGG分析表明，預測的基因主要參與組蛋白的mRNA代謝過程和Wnt信號通路。這項研究可能為lncRNAs輻射誘導的DNA損傷的研究提供新的見解。
圖2. 輻射后lncRNA和mRNA的表達譜變化
3. 文章主題：電離輻射后293T細胞中circRNA表達譜
發表期刊：Dose-Response
影響因子：2.451
發表時間：20190422
實驗方法：全轉錄組測序
實驗樣本：293T細胞
放射療法是最常見的癌癥療法之一。重要的是要了解細胞如何響應電離輻射（IR）以提高治療效果。最近發現環狀RNA可調節多種細胞過程。然而，在紅外照射細胞后對環狀的鑒定和表達模式研究很少。作者利用上面的全轉錄組測序數據，分析輻射前后環狀RNA的表達情況。總共鑒定了5592個circRNA，發現了1038個新的circRNA。其中158個circRNA在IR暴露后具有明顯的差異表達。包括61個上調的circRNA和97個下調的circRNA。GO和KEGG以及circRNA-microRNA Messenger RNA網絡分析，我們發現差異表達的circRNA可能參與了氧化磷酸化、上皮生長因子受體（EGFR）酪氨酸激酶抑制劑耐藥性的信號通路和雷帕霉素（mTOR）信號轉導。
圖2. 輻射后lncRNA和mRNA的表達譜變化
4. 文章主題：環狀RNA在顳下頜骨關節炎滑膜組織中的表達譜
發表期刊：Nature structural & molecular biology
影響因子：3.266
發表時間：20190930
實驗方法：全轉錄組測序
實驗樣本：顳下頜關節滑膜組織
環狀RNA作為骨關節炎發生和發展的重要參與者，近年來已逐漸受到關注。然而，它們在顳下頜關節骨關節炎（TMJOA）中的作用目前尚不清楚。作者通過全轉錄組測序分析circRNA在TMJ滑膜組織中的表達,，共鑒定了58個差異表達的circRNA，并挑選了4個進行體外實驗鑒定。并且發現高度上調的hsa_circ_0000448通過ceRNA機制靶向相關microRNA參與TNF-α信號通路，促進滑膜的TNF-α分泌。該研究證明TMJ滑膜組織中的circRNA參與了TMJOA的發展，可能成為潛在的治療靶點。
圖3. 差異下調的環狀參與的GO和KEGG通路
5. 文章主題：環狀RNA靶向miRNA抑制人脂肪干細胞的成骨分化
發表期刊：Nature structural & molecular biology
影響因子：3.266
發表時間：20190830
實驗方法：全轉錄組測序
實驗樣本：人類脂肪干細胞
環狀RNA是具有特殊環狀結構的新型內源非編碼RNA，已發現在組織和疾病的各種發展中起關鍵作用。但是，很少有研究集中于circRNA在人類脂肪干細胞（hASCs）成骨中的功能和機制。作者利用全轉錄組測序研究成骨分化過程中hASCs的表達情況。發現有150個上調的circRNA和60個下調的circRNA差異表達。其中，在hASCs成骨過程中，circPOMT1和circMCM3AP的表達下調。，已知hsa-miR-6881-3p可以促進hASC的成骨分化，而circPOMT1和circMCM3AP的表達與之負相關。Bmads信號通路的關鍵抑制劑Smad6和Chordin被預測為hsa-miR-6881-3p的靶標。因此，circPOMT1和circ MCM3AP可能通過BMPs信號通路靶向hsa-miR-6881-3p，從而影響hASC的成骨分化。因此，CircPOMT1和circMCM3AP可能是修復骨缺損的潛在新靶標。
圖4. 差異表達環狀的ceRNA網絡圖
6. 文章主題：白內障中上調的環狀RNA具有miR-204-5p海綿功能
發表期刊：Gene
影響因子：2.5
發表時間：20190528
實驗方法：全轉錄組測序
實驗樣本：白內障角膜組織
環狀RNA是一類新發現的內源性RNA，通過海綿化microRNA（miRNA）參與了各種疾病的病理過程，但是circRNA在糖尿病性白內障（DC）中的作用尚不清楚。作者以前的研究表明與正常對照相比，miR-204-5p在DC中的表達量更低，但是否與circRNA的海綿功能相關尚不清楚。這項研究旨在鑒定DC組織中差異表達的circRNA，并研究circRNA與miR-204-5p在白內障發展中的相互作用。作者通過對DC晶狀體組織和透明晶狀體組織進行全轉錄組測序，發現與正常對照組相比，DC組中有1063個circRNA表達差異顯著（p≤0.05，倍數變化≥2.0）。通過GO和KEGG分析來預測這些差異表達的circRNA的功能，并注釋了前十個富集的GO條目和KEGG途徑。通過qRT-PCR驗證了與miR-204-5p相互作用的兩個候選circRNA的表達水平，表明這些circRNA的變化方向與RNA測序數據一致。此外，與正常組織相比，circKMT2E在DC晶狀體組織中被上調了兩倍以上，表現出與miR-204-5p相反的表達趨勢。生物信息學分析表明，hsa-miR-204-5p上共有circKMT2E的四個種子序列。因此，我們推測circKMT2E可能充當miR-204-5p的海綿分子，并在DC的發病機制中起作用，這可以為DC的非手術治療提供新的靶點。
圖6. 篩選miR-204-5p結合的circRNA，并通過qRT-PCR驗證circRNA的表達
7. 文章主題：電針對糖尿病小鼠血漿外泌體中環狀表達的影響
發表期刊：Dose-Response
影響因子：1.98
發表時間：20190924
實驗方法：外泌體全轉錄組測序
實驗樣本：糖尿病小鼠血漿外泌體
電針（EA）是一種有效的糖尿病治療策略，circRNA參與糖尿病的發病機制。然而，目前尚不清楚EA對糖尿病的作用機制是否與circRNA的改變有關。這項研究的目的是揭示EA對2型糖尿病（T2DM）小鼠血漿外泌體中circRNA表達的影響以及潛在的信號傳導途徑。EA處理降低了空腹血糖含量，保留了胰島結構，并降低了T2DM小鼠的胰島β細胞凋亡率。作者通過血漿外泌體全轉錄組測序，發現EA處理后，有165個差異表達的circRNA。GO和KEGG分析顯示，EA處理能促進甲狀腺激素信號。circRNA / miRNA相互作用分析顯示mmu-mir-7092-3p與circINPP4B密切相關，表明磷脂酰肌醇信號通路可能受EA影響。qPCR證實12個circRNA具有顯著差異。這些發現表明，EA干預可能可以通過調節甲狀腺激素和磷脂酰肌醇信號傳導來顯著保護胰島功能并改善T2DM中的空腹血糖含量水平。
圖7. circRNA-miRNA互作網絡圖