怎么確定小分子與蛋白的活性位點？

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A:對接的時候，小分子與蛋白的活性位點是怎么選呢?參照文獻么?選擇的時候，活性位點有很多，是選擇什么樣的位點對接呢?

B:先分析你的化合物和已知底物的相似性關系，再選擇合適位點。

A:我剛剛開始接觸這些，不太懂，相似性關系是分析哪方面呢?

B:拓撲結構相似性，電荷分部的相似性。一類化合物能結合多個口袋的話，那結合就是競爭性的。挨個dock，最后把結果放在一起可以分析。也可以先看一下文獻有沒有特殊位點比如離子通道蛋白就有這種例子。主要看你的目標來定。

答:看看我們公眾號的文章，《如何確定對接口袋》。總的原則是，盡可能依靠來自實驗或文獻的信息來確定對接口袋，其次是軟件預測。如果沒有任何信息可以幫助你選擇或確定唯一的對接口袋，那就全部都用，分別做對接，再分析對接結果。有條件的，再做實驗驗證，比如定點突變。

Mr.Nerve-中國藥科大學:使用薛定諤時，如何對某一部分進行片段取代，取代成各種各樣的基團，然后批量對接，這可以實現嗎?

答:MOE可以實現，不知道薛定諤能不能。

Mr.Nerve-中國藥科大學:那我用MOE弄成sdf格式，然后批量對接對嗎?取代片段可以自行選擇吧，不一定要用內置庫吧?

答:?如果要用自己的片段庫，需要處理成MOE能夠使用的格式。請看MOE的說明。當然也可以先生成化合物庫再對接，這就跟一般的對接流程沒啥區別了。

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A:知道納米材料的官能團和一段氨基酸序列，可以推測兩者能不能發生相互作用嗎?

B:可以。

A:怎么推測?

B:生物材料?

A:不知道，老板就給了官能團和氨基酸序列。

B:我們組都是建模跑md，看結合能力。

A:那段序列找不到模板建模，也不知材料結構。

C:同源建模需要模板，序列足夠長時才能用; 序列短，不能用該方法。因為序列太短，不能滿足Do Littles提出的同源家族判斷標準。太短，也沒有一定的穩定構象，而是柔性不斷變化。很短的，按有機小分子進行構象搜索就可以。

A:是不是必須要建模，采用對接方式，讓兩者發生作用?那段氨基酸序列有50個氨基酸。

C:50個氨基酸做不了同源建模預測3d結構。做實驗都比計算快，可以用核磁或生物質譜。

A:那意思預測不了?

C:我是說同源建模沒法做，可以試試其它的方法。比如，你有核磁知道兩個原子間距離，用距離約束再進行計算就會比純計算準確。

A:啥也沒有，我連材料結構都不知道。

D:50個aa完全可以做de novo prediction。可以先做個二級結構預測，如果是coil居多，就不用提交robetta了。

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A:各位老師，請問如何用MOE計算蛋白口袋氨基酸的序列一致性呢?

殷賦科技:在SEQ界面，找到alignment。

A:這個怎么看口袋附近氨基酸殘基的一致性呢?

殷賦科技:選擇口袋殘基，看看是不是一樣的，或者相似的，數值看alignment的similarity。

A:這樣貌似是總體的值。

A:選擇select就顯示這樣了。

B:點擊similarity，Metric>similarity。

A:similarity也是一樣吶。

B:是否同時選中了兩條鏈呢?

A:選中之后就出來了呢!

A:如果我想看口袋附近氨基酸殘基的一致性呢？

B:Moe 疊合pockets, 需要在『align/superpose』做出調整。里面有多種option。自己嘗試下就好了。