目前應用于中藥脫色的方法及工藝很多，但大致可通過以下方法進行分類。
一、根據色素在不同溶劑中的溶解度差別進行除去
屬于最常用、最簡單、也是效果比較差的方法。
1．水提醇沉：可去除小部分水溶性色素。
醇提水沉：可除去大部分脂溶性色素。（也可以兩種方法交替使用）
2．酸堿沉淀法：例如當雜質色素是一些黃酮、蒽醌等酚酸性成分時，可調節PH3以下，另其析出。
二、根據色素在兩相溶劑中的分配比不同進行除去
例如當雜質色素是一些黃酮、蒽醌等酚酸性成分時，可采取調節PH到12以上，用有機溶劑萃取的方法。這時由于色素都以解離形式存在，不宜被萃出。
三、根據色素與有效成分吸附性差別進行分離
1．物理吸附：（吸附力是分子間力）
（1）極性吸附劑：如硅膠、氧化鋁。可去除親水性色素。
（2）非極性吸附劑：如活性炭，紙漿、滑石粉、硅藻土。可去除親脂性色素。
活性炭是一種優良的吸附劑，它對色素、細菌、熱原等雜質有很強的吸附能力，并且其還有助濾作用。
其內部有大量的微孔和空隙，表面積可達200-500m2/g。
吸附原理：由于大多數色素具有共扼雙鍵結構，易吸附。
使用方法：冷吸附法，熱吸附法，炭層助濾法，柱層析吸附法。
2．化學吸附：
（1）例如可用堿性氧化鋁去除一些黃酮、蒽醌等酚酸性色素。
（2）離子交換樹脂法：例如黃酮、蒽醌等酚酸性色素可以用陰離子交換樹脂除去。
3．半化學吸附：聚酰胺與大孔樹脂。吸附原理為氫鍵作用，大孔樹脂還有部分范德華力作用。
聚酰胺可通過分子中的酰胺羰基與酚類、黃酮類的酚羥基形成氫鍵。也可一通過酰胺鍵上的游離胺基與醌類、脂肪羧酸上的羰基形成氫鍵。
四、沉淀法除去色素
代表物質：石灰乳。
常用濃度：20％－30％。
脫色原理：石灰乳中鈣離子能與藥液中的有效成分及雜質結合成鈣螯合物、鈣鹽沉淀。而沉淀在硫酸作用下，黃酮、蒽醌、酚類、皂苷、部分生物堿與鈣離子形成的鈣鹽可以被分解出來，再溶解到水中。但是鞣質、部分蛋白質、有機酸、極性色素、多糖等不能分解出來。
五、絮凝劑法除去色素
1．常用的絮凝劑分以下幾種：
（1）明膠類：鞣質影響藥液穩定性且容易變色。可利用明膠與鞣質行政絡合物，與水中懸浮顆粒一起沉淀
（2）ZTC1+1天然澄清劑：
分為四種：I型：除蛋白型
II型：脫色澄清型
III型：中藥口服液與顆粒劑型，可代替醇沉法，起到去除不穩定成分和助濾作用。
IV型：注射液型，主要提高澄明度。
（3）101果汁澄清劑：
（4）甲殼素及殼聚糖：殼聚糖是甲殼素乙酰化制得。它們都是天然的陽離子絮凝劑。
2．影響澄清效果的因素
（1）澄清劑的用量
（2）澄清劑的配制濃度和加入順序
（3）藥液本身的濃度
（4）絮凝時溫度的影響
（5）藥液的PH的影響
（6）攪拌速度和攪拌時間的影響
（7）絮凝沉淀時間的影響
六、膜分離去除色素
最常用的為超濾技術。