AgilentSureSelectQXTWGS文庫制備的質量控制（一）

摘要

本應用簡報按照 Agilent SureSelect^QXT WGS 文庫制備方案，介紹了 Agilent 4200 TapeStation 系統在工作流程中的樣品質量控制 (QC) 性能。基因組 DNA ScreenTape 分析法是對基因組 DNA 起始材料進行系列定量分析并提供完整性信息的可靠方法。安捷倫高靈敏度 D5000 ScreenTape 分析法可在測序前對擴增的標簽文庫進行分子量測定和定量分析。數據還表明，采用 DNA ScreenTape 分析法所獲得的結果與使用 Agilent 2100 生物分析儀系統和 Qubit 熒光計進行分析所得到的信息相一致。

前言

Agilent SureSelect^QXT 全基因組文庫制備試劑盒可生成用于 Illumina 配對末端多重測序的文庫。SureSelect^QXT 文庫制備對基因組 DNA (gDNA) 的起始量變化非常敏感。本方案建議使用 Qubit 儀器進行兩次系列熒光分析來定量。采用基因組 DNA ScreenTape 分析法在 Agilent 4200 TapeStation 系統上運行相同樣品，比較這兩種方法所獲得的結果。gDNA 起始量的偏差會導致所得片段分布不理想，使擴增文庫中過大或過小的 DNA 片段所占比例過高。這種效應可以通過由各種 gDNA 起始材料（從低豐度到高豐度）產生的額外文庫來說明。

擴增文庫使用安捷倫高靈敏度 D5000 ScreenTape 分析法及 4200 TapeStation 系統進行分析，將其結果與 SureSelect^QXT 方案推薦的高靈敏度 DNA 分析法及 Agilent 2100 生物分析儀系統分析所得結果進行比較。

擴增文庫的分析結果顯示，高靈敏度 D5000 ScreenTape 分析與 2100 生物分析儀系統獲得的分子量和摩爾濃度結果相一致。

材料與方法

4200 TapeStation 系統 (G2991AA)、2100 生物分析儀系統 (G2939AA)、SureCycler 8800 熱循環儀 (G8800A)、用于 WGS 的 SureSelect^QXT 文庫制備試劑盒 (G9682A)、高靈敏度 D5000 ScreenTape (5067-5592) 和試劑 (5067-5593)、基因組 DNA ScreenTape (5067-5365)  和試劑 (5067-5366)、高靈敏度 DNA 試劑盒 (5067-4626)，以及 OneSeq 參比 DNA 男性 (5190-8848) 購自安捷倫科技公司。NanoDrop 1000、Qubit 3.0 熒光計 (Q33216) 和Qubit dsDNA BR 分析試劑盒 (Q32850) 購自賽默飛世爾科技公司。使用區域功能來實現 DNA 文庫的定量測定。除非另有說明，否則所有分析均按照生產商的方案和指南進行。
 

結果與討論

圖 1 說明了使用 gDNA 作為起始材料生成全基因組測序 (WGS) 文庫的 SureSelect^QXT 方案。簡而言之，樣品在一步酶解步驟中進行碎裂和接頭標記，然后進行 PCR 擴增，在此期間對接頭連接的片段進行擴增和標記。然后使用磁珠清潔擴增的接頭連接的文庫，并在測序前分析以確定合適的分子量、數量，并進行純度（不含接頭二聚體產物）評估。