高效毛細管電泳技術由于具有分離效率高、樣品用量少、分析速度快、環境友好、應用范圍廣以及在很大程度上所顯示的高選擇性等優點，可用于無機小離子和以有機酸或生物堿為代表的有機小分子的分離分析，并已愈來愈引起分析工作者的關注，成為一種很常見的分析手段。
采用毛細管電泳儀可以檢測在天然水、飲用水和廢水樣品中的離子有：銨鹽、鋰鹽、鈉鹽、鉀鹽、鎂鹽、鈣鹽、鍶鹽和鋇鹽等陽離子。
毛細管電泳法評價無機陽離子濃度是基于陽離子在電場中因不同的電泳淌度不同而產生的微分遷移的分離。分析陽離子的定性和定量檢測是通過在254 nm波長處間接檢測紫外吸收。