微生物在使用和傳代過程中容易發生污染、變異甚至死亡，因而常常造成菌種的衰退，并有可能使優良菌種丟失。菌種保藏的重要意義就在于盡可能保持其原有性狀和活力的穩定，確保菌種不死亡、不變異、不被污染，以達到便于研究、交換和使用等諸方面的需要。菌種保藏的方法有哪些呢?
傳代保存法
有些微生物當遇到冷凍或干燥等處理時，會很快死亡，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養保存法。傳代培養就是要定期地進行菌種轉接、培養后再保存，它是最基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生產菌種的保存。
傳代保存時，培養基的濃度不宜過高，營養成分不宜過于豐富，尤其是碳水化合物的濃度應在可能的范圍內盡量降低。培養溫度通常以稍低于最適生長溫度為好。若為產酸菌種，則應在培養基中添加少量碳酸鈣。
一般地，大多數菌種的保藏溫度以5℃為好，像厭氧菌、霍亂弧菌及部分病原真菌等微生物菌種則可以使用37℃進行保存，而蕈類等大型食用菌的菌種則可以室溫直接保存。
傳代培養保存法雖然簡便，但其缺點也很明顯，如：①菌種管棉塞經常容易發霉;②菌株的遺傳性狀容易發生變異;③反復傳代時，菌株的病原性、形成生理活性物質的能力以及形成孢子的能力等均有降低;④需要定期轉種，工作量大;⑤雜菌的污染機會較多。
液體石蠟覆蓋保存法
該法較前一種方法保存菌種的時間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細菌等的保存。此法可防止干燥，并通過限制氧的供給而達到削弱微生物代謝作用的目的。其具有方法簡便的優點，同時也適用于不宜冷凍干燥的微生物(如產孢能力低的絲狀菌)的保存，而某些細菌如固氮菌、乳酸桿菌、明串珠菌、分枝桿菌、紅螺菌及沙門氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克銀漢霉、毛霉、根霉等不宜采用此法進行保存。
懸液保存法
即使微生物混懸于適當溶液中進行保存的方法。常用的有：
① 蒸餾水保存法：適用于霉菌、酵母菌及絕大部分放線菌，將其菌體懸浮于蒸餾水中即可在室溫下保存數年。本法應注意避免水分的蒸發。
② 糖液保存法：適用于酵母菌，如將其菌體懸浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗處保存，可長達10年。除此之外，也可使用緩沖液或食鹽水等進行保存。
載體保存法
將微生物吸附在適當載體上進行干燥保存的方法。常用的有方法包括以下幾種：
①土壤保存法
主要用于能形成孢子或孢囊的微生物菌種的保藏。方法是在滅菌的土壤中加入菌液，立即在室溫下進行干燥或使菌體繁殖后再干燥，然后冷藏或在室溫下密封保存。保存用的土壤原則上以肥沃的耕土為宜，土壤需風干、粉碎、過篩和滅菌。
使微生物在土壤中繁殖后進行干燥保存的方法是：取適量土壤(5克)置于塞有棉塞的試管中，加水或加入充分稀釋的液體培養基(以含水量為土壤最大持水量的60%為宜)，然后高壓滅菌。再將需保存的微生物進行大量接種，培養至菌絲能用肉眼確認的程度為止，移入干燥器中經短時間干燥或風干后密封，冷藏或室溫保存。
②砂土保存法
取清潔的砂，過60目篩去掉大砂粒，并用磁鐵吸去砂中鐵屑，再用NaOH溶液、10% HCl溶液和水交替清洗數次，干燥后，置于試管或安瓶管中保持2～3cm深，再經干熱滅菌后，加入1ml菌種培養液，經充分混勻后，放入真空干燥器中，完全干燥后熔封保存。也可用二份洗凈的砂(經HCl預處理)和一份貧瘠、過篩的黃土攙和后滅菌，再進行菌種保藏。
③硅膠保存法
以6～16目的無色硅膠代替砂子，干熱滅菌后，加入菌液。加菌液時，由于硅膠的吸附熱常使溫度升高，因而需設法加以冷卻。
④磁珠保存法
將菌液浸入素燒磁珠(或多孔玻璃珠)后再進行干燥保存的一種方法。在螺旋口試管中裝入1/2管高的硅膠(或無水CaSO4)，上鋪玻璃棉，再放上10～20粒磁珠，經干熱滅菌后，接入菌懸液，最后冷藏、室溫保藏或減壓干燥后密封保藏。本法對酵母菌很有效，特別適用于根瘤菌，可保存長達兩年半時間。
