從修飾肽序列中判定修飾肽的溶解性方法

1.非HPLC純化的修飾肽中有哪些雜質?
答：粗品和脫鹽級別的修飾肽中修飾肽和非修飾肽類雜質：如非全長修飾肽和修飾肽后處理的一些原料如DTT、TFA等。

2.HPLC純化的修飾肽有哪些雜質?
答：經過HPLC純化的修飾肽，仍會有一些一些雜質存在，其中的雜質主要是短肽和微量TFA。

3.多長的修飾肽為合適?
答：修飾肽合成需要考慮修飾肽的長度，電荷，親疏水性等因素。長度越長，合成粗品的純度和產率都隨著降低，純化的難度和無法合成的幾率就會大些。當然修飾肽功能區的序列是無法改變的，但是為了修飾肽的順利合成，有時不得不在功能取的上下游增加一些輔助氨基酸，以改善修飾肽的溶解性和親疏水性。如果修飾肽太短，合成也可能有問題，主要問題是合成的修飾肽在后處理過程中有一定的難度，5肽以下的修飾肽，一般要有疏水的氨基酸，否則后處理難度加大。15個氨基酸殘基以下的修飾肽一般都可以得到滿意的產率和得率。

4.如何從修飾肽序列中判定修飾肽的溶解性?
(1)修飾肽中如果含有高比例的疏水性很強的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp，修飾肽很難溶解與水性溶液中或根本不可能溶解。這些氨基酸無論是純化或合成，都有可能有問題。
(2)一般情況下疏水性氨基酸的比例<50%，不能連續5個連續aa為疏水性，帶電荷的氨基酸的(正電荷K,R,H,N-terminus,負電荷D,E,C- terminus)的比例達到20%，在修飾肽的N或C短如果能增加極性氨基酸，也可以改善溶解性。

5.為什么含有Cys,Met,或Trp的修飾肽難合成?
答：含有Cys,Met，或Trp的修飾肽難以合成，同時難以獲得高純度的產品。主要因為這些基團不穩定，易氧化。這些修飾肽的使用和儲存都需要特別注意，避免反復開啟蓋子。

6.為什么有些修飾肽的合成產率或純度會比較低?
答：修飾肽合成與引子合成有比較大的區別，不能合成的引子很少，但是不能合成的修飾肽經常有。如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr這些氨基酸比鄰或重復時，修飾肽鏈在合成過程中不能完全舒展溶解，合成效率下降。以下幾種情形，合成效率和產物的純度都比較低，如：重復Pro,Ser-Ser，重復Asp，4個連續Gly等。

7.修飾肽是如何純化的?
答：修飾肽純化一般使用反相柱(如C8，C18等)，214nm。緩沖體系通常為含TFA的溶劑，pH2.0。Buffer A為含0.1%TFA in ddH2O，Buffer B為1%TFA/ACN/pH2.0。純化前用Buffer A溶解；如果溶解不好，用Buffer B溶解后，然后用Buffer A稀釋；對疏水性強的修飾肽，有時還需要加入少量的Formic Acid或醋酸。