轉基因食品問題，一直以來都是充滿爭議的話題；如何科學正確地檢測轉基因產品，成了政府檢測機構及相關工作者高度關心的問題。
轉基因農產品的檢測，就是檢測農產品中是否含有外源基因，即檢測啟動子、終止子、標記基因、目的基因、外源基因轉錄產物的豐度等。就方法而言，又分為基因水平的檢測和蛋白水平的檢測。
轉基因產品核酸水平檢測的流程如下：
第一步：樣本前處理
稱取一定質量的樣品，在研缽中研磨或用自動組織勻漿儀處理，得到樣品粉末，同時使組織細胞破壁、釋放出核酸。
第二步：DNA提取純化
可以采用商業化DNA提取試劑盒，手動或利用自動核酸提取純化系統制備DNA模板，用于后續的PCR分析。
第三步：內源基因的檢測
對物種內源基因的PCR檢測，主要用于驗證DNA模板的提取質量；
可采用普通PCR方法將目標內源基因擴增后，通過瓊脂糖凝膠電泳分離，利用凝膠成像設備觀察分析是否有出現預期大小的擴增條帶；
也可通過實時熒光定量PCR方法直接檢測目標內源基因的有無。
檢測結果陽性表明從樣品中提取出適宜進行檢測的DNA，可以進行外源基因檢測，否則應重新進行DNA提取和純化。
第四步：篩選基因檢測與品系鑒定檢測
對植物中轉基因成分的檢測，先篩選檢測CaMV 35S、NOS、NPTII、PAT、BAR基因（啟動子、終止子等等），確定是否含有外源基因；篩選結果陰性則直接報告結果；
若篩選結果陽性，則需要進一步鑒定檢測MON810、Bt11、Bt176、T14/T25、CBH351、GA21、TC1507、MON863、NK603、Bt10（結構基因）的結構特異性基因或品系特異性基因以確定是何種轉基因品系。
這兩個步驟均可通過普通PCR或者實時熒光定量PCR方法完成。
第五步：確證實驗
如果采用普通PCR方法檢測篩選基因與結構特異性基因或品系特異性基因結果為陽性，則需要通過采用實時熒光PCR方法進行結果確證實驗。
第六步：結果判斷與計算
待測樣品外源基因檢測Ct值≥40，內源基因檢測Ct值≤24，對照正常，則可判定該樣品未檢出XXX基因； 待測樣品外源基因檢測Ct值≤36，內源基因檢測Ct值≤24，對照結果正常，則可判定該樣品檢出XXX基因； 待測樣品外源基因檢測Ct值在36-40之間，應重做實時熒光PCR擴增。 定量計算：利用陽性標準品與基因檢測Ct值，可以分別計算出外源基因與內源基因序列拷貝數，按照下列公式對轉基因成分進行定量計算：
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第七步：結果表述
定性結果表述：
對于X物種，未檢出轉基因成分；
對于X物種，檢出轉基因成分，（可進一步報告）該樣品中含有XX轉基因品系。
定量結果表述：
未檢出轉基因成分，定量方法檢測限為X%;
樣品中XX轉基因成分低于本定量方法檢測限（X%）;
樣品中所含XX轉基因成分為X%。
