離子色譜儀主要用于環境樣品的分析，包括地面水、飲用水、雨水、生活污水和工業廢水、酸沉降物和大氣顆粒物等樣品中的陰、陽離子，與微電子工業有關的水和試劑中痕量雜質的分析。
離子色譜儀的使用方法
（1）打開鋼瓶氣源開關，分壓表調到0.2-0.3(建議不關閉鋼瓶氣源)；
（2）調節減壓閥到3－6Psi左右；
（3）依次打開SP泵、EG淋洗液自動發生器、DC色譜單元、AS自動進樣器和VWD紫外檢測器的電源開關。
（4）如儀器長時間不使用或更換淋洗液后，要先打開平衡泵頭上的PRIME閥排氣。
（5）打開電腦，待右下角變色龍服務器圖標變灰色后，雙擊桌面的變色龍，打開控制面板。
（6）開泵，根據連接的柱子設定泵流速（氨基酸0.22；糖PA10：1；糖PA200：0.4；陰離子1或1.2；氫氧化鉀濃度30mM；陽離子CS18：0.25）；
設定柱箱溫度（30度）；
電導檢測器：根據具體的試驗條件，在控制面板DC頁面選定抑制器類型和電流；在CD頁面設定并開啟檢測器溫度。
電化學檢測器：在ED頁面打開池子電壓，選擇CVMODE為INTAMP并選定波形（WAVEFORM）。
（7）系統平衡
（8）編輯運行樣品表（SEQUENCE）
（9）系統平衡好后，停止采集基線，啟動樣品表，選擇要運行的樣品表。
（10）做完樣后雙擊打開第一個標準，點擊QNT-EDITER，進行數據處理。
（11）關機前的工作
陰離子：如果樣品很復雜，先用高濃度氫氧化鈉（50－60mM氫氧化鈉）清洗系統15~20分鐘，然后在調到30mM正常濃度清洗30分鐘；
陽離子：用正常淋洗液條件（5mM）沖洗系統20分鐘；
糖PA10：使用200mM氫氧化鈉沖洗系統15分鐘，然后再換成18mM清洗15－20分鐘；
氨基酸：最好在結束樣品后走一空白梯度或進針水走一75分鐘的梯度；
糖PA200：用100mM氫氧化鈉/50mM醋酸鈉走20分鐘 。
（12）關機
陰陽離子：將抑制器電流關掉，然后將泵逐步降為0；
氨基酸、糖：將電化學檢測池電壓關掉，然后將泵逐步降為0。 接著，斷開AS、DC、EG、DP、VWD的連接。關閉各設備的電源。建議不要關掉氮氣。
離子色譜儀在食品、衛生、石油化工、水及地質等領域也有廣泛的應用。
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