自身免疫性疾病是由異常免疫反應引起的慢性退行性或炎癥性疾病。不同的自身免疫性疾病對機體的影響各有不同。例如，在多發性硬化癥中，自身免疫反應的侵害對象是中樞神經系統，而在克羅恩病中則是腸道。此外，同種疾病對不同個體的組織和器官的影響程度不盡相同。
此類疾病的嚴重程度取決于患者的免疫系統情況。其人群患病率在3%以上，女性和老年人居多。炎癥是許多此類疾病的常見癥狀，其他癥狀包括：眩暈、疲勞、不適及低燒。器官特異性自身免疫性疾病可侵害靶器官或組織，導致功能受損。
對此類疾病的診斷相當困難，尤其是在發病初期。對健康個體進行的特異性自身抗體檢測表明：不同疾病的陽性結果發生率少則接近0%，多則超過10%。健康個體中的大多數抗體的滴定濃度都很低，對健康沒有不良影響。
自身抗體并不總是針對某種風濕性疾病。例如，與天然雙鏈DNA (dsDNA)
發生反應的抗體通常對系統性紅斑狼瘡(SLE)具有診斷意義。但是，抗雙鏈DNA抗體也可見于患有其他疾病的個體中，如風濕性關節炎、干燥綜合癥、硬皮病、藥物性狼瘡、慢性活動性肝炎、格雷夫斯氏病及其他疾病。抗雙鏈DNA抗體在上述疾病的患者中發生率一般低于5%。因此抗雙鏈DNA抗體對SLE沒有診斷意義。
在少數情況下，自身抗體具有很強的疾病特異性。目前已鑒別出一些常見風濕性疾病的自身抗體靶點（表I）。
本文就自身抗體檢測技術進行了回顧性評述，開篇先介紹一些成熟的檢測方法，最后則展望未來的發展趨勢。多路復用蛋白質分析技術是討論的核心焦點。本文還研究了各種多路復用自身免疫測定法，并闡述了開發人員所面臨的困難。
目前的檢測方法
檢測自身免疫相關抗體的第一種方法是瓊脂凝膠平板雙向擴散法，但是這種方法早已被更快速、更靈敏的半定量方法所取代。
檢測血清中自身抗體的常用實驗室試驗：免疫測定（通常為酶免疫測定）、間接免疫熒光顯微技術
(IFA)、免疫印跡及免疫沉淀。上述試驗中只有第一種是半定量試驗；其他均為定性試驗。通過IFA法進行篩查需要耗費大量的人力，而且要求訓練有素的技術人員對顯微鏡染色圖譜進行目測解讀。這種方法缺乏可靠的標準，其結果取決于觀察者的技能。IFA陽性結果并不能確定抗原的存在。因此，在提出具體治療方案的建議方面，其作用十分有限。
疾病 | 最常見的抗原 |
系統性紅斑狼瘡 | 雙鏈DNA、Sm抗原、抗核抗原 |
干燥綜合癥 | 干燥綜合癥A抗原 (52和60 kDa)和B抗原 (SSA和SSB)、抗核抗原 |
系統性硬化癥 | 拓撲異構酶I、著絲粒蛋白B、抗核抗原 |
類風濕性關節炎 | 類風濕因子、環瓜氨酸肽 |
格雷夫斯氏病 | 促甲狀腺激素受體 |
原發性膽汁性肝硬化 | 線粒體蛋白 |
重癥肌無力 | 乙酰膽堿受體 |
慢性特發性血小板減少性紫癜 | 血小板抗原 |
1型糖尿病 | 胰島β-細胞抗原 |
表I. 針對某些主要風濕性疾病最常用的自身免疫分析技術。 |
這些方法的最大缺陷是每次分析只能獲得一個結果。通常，為了獲得完整的自身抗體檢測結果，需要進行多次試驗。
長期以來，研究人員希望能夠同時檢測同一類別的多種分析物，如自身抗體、過敏原及甲狀腺功能試驗，而多路復用技術的出現使這一目標得以實現。采用多路復用分析技術時，一份樣品可以在同一個反應器中產生多個報告結果。多路復用技術非常適用于多因素疾病的診斷，這種疾病需要進行多種實驗室檢測方能做出診斷。以復合模式（多路復用技術）對合理設定的多種分析物進行分析具有許多優點：
· 節約試劑、實驗室耗材以及勞動力成本，特別是勞動力成本。
· 通過病人的少量標本即可獲得大量信息，這一點對于兒科尤為重要。
· 能夠同時檢測核酸、抗原、抗體及藥物等多種分析物。
· 具有內部質量控制功能，確保試驗結果的準確性。
· 樣品處理量增大。
· 能夠鑒別分析物濃度的圖譜。
另外，多路復用技術適應了當今工業和市場的發展趨勢，即：勞動力短缺、自動化程度提高、過程標準化以及實驗室聯合。