新型雙壓線性離子阱質譜儀給蛋白質組學帶來革...（三）

表 3 四級桿 - 飛行時間質譜儀采集參數

Table 4: 數據分析數據庫搜索條件

結果與討論

LTQ Velos 比 LTQ XL 和 Q-TOF 鑒定到了更多的特異性肽段

圖 2 ： 1ug C.elegans 酶解樣品在 60 分鐘內運行色基峰色譜圖比較（上圖為 LTQ Velos 雙壓離子阱質譜儀，下圖為四級桿飛行時間質譜儀）

與線性離子阱 LTQ XL 和四級桿 - 飛行時間質譜儀 Q-TOF 相比， LTQ Velos 雙壓離子阱質譜儀從 C.elegans 的胰酶酶解物中鑒定得到了更多的特異性肽段。有更多的蛋白被鑒定到。圖 2 顯示的是在 60 分鐘的梯度內用反相色譜 -LTQ Velos 質譜儀得到的基峰色譜圖，以及用 1200 高效液相色譜 - 芯片分離 - 四級桿飛行時間質譜一得到基峰質譜圖。在 60 分鐘的分離過程， LTQ Velos 質譜儀比 LTQ XL 質譜儀多鑒定了 67% 的特異性肽段，比 Q-TOF 多鑒定了 165.7% 的特異性肽段，上述結果都是在 3Hz 情況下得到的。在相同的實驗過程中， LTQ Velos 離子阱鑒定到蛋白的數目比四級桿 - 飛行時間質譜儀 Q-TOF 多了 240% 。在實驗中，鑒定到的蛋白和特異性肽段的數目都是三次重復實驗取的平均值，而且相對標準偏差小于 10% 。每一次運行樣品，平均百分比都增加了，但并不是所有重復數據都增加了。

圖 3 樣品： 1ug C.elegans 蛋白胰酶酶解物 在反相色譜分離。 LTQ Velos 雙壓離子阱比 LTQ XL 離子阱和四級桿 - 飛行時間質譜儀能鑒定到更多的特異性肽段和蛋白。圖中所示為兩個梯度的結果，也標出了每一個儀器的實際采樣速率。