結構：
1、 結構主頁 — 關于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪問分子模型數據庫（MMDB）和用來搜索和顯示結構的相關工具。
2、
MMDB：分子模型數據庫 —
一個關于三維生物分子結構的數據庫，結構來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brookhaven蛋白數據庫（PDB）三維結構的一部分，排除了那些理論模型。MMDB重新組織和驗證了這些信息，從而保證在化學和大分子三維結構之間的交叉參考。數據的說明書包括生物多聚體的空間結構，這個分子在化學上是如何組織的，以及聯系兩者的一套指針。利用將化學，序列，和結構信息整合在一起，MMDB計劃成為基于結構的同源模型化和蛋白結構預測的資源服務。MMDB的記錄以ASN.1格式存儲，可以用Cn3D,
Rasmol, 或
Kinemage來顯示。另外，數據庫中類似的結構已經被用VAST確認，新的結構可以用VASTsearch來同數據庫進行比較。
3、 Cn3D — “See in 3-D”， 一個用于NCBI數據庫的結構和序列相似顯示工具，它允許觀察3-D結構和序列—結構或結構—結構同源比較。Cn3D用起來就象你瀏覽器上的一個幫助工具。
4、 VAST — 矢量同源比較搜索工具—一個在NCBI開發的計算算法，用于確定相似的蛋白三維結構。每一個結構的“結構鄰居”都是預先計算好的，而且可以通過MMDB的結構概要頁面的鏈接訪問。這些鄰居可以用來確認那些不能被序列比較識別的遠的同源性。
5、 VAST 搜索 — 結構—結構相似搜索服務。比較一個新解出的蛋白結構和在MMDB/PDB數據庫中的結構的三維坐標。VAST搜索計算一系列可能會被交互瀏覽的結構鄰居，用分子圖形來觀察重疊和同源相似。
分類學 ：
1、 NCBI的分類數據庫主頁 — 關于分類計劃的一般信息，包括分類資源和同NCBI分類學家合作的外部管理者的列表。
2、
分類瀏覽器 —
搜索NCBI的分類數據庫，包括大于70000個物種的名字和種系，這些物種都至少在遺傳數據庫中有一條核酸或蛋白序列。可以檢索一個特定種或者更高分類（如屬，科）的核酸，蛋白，和結構記錄。如果有新物種的序列數據被放到數據庫中，這個物種就北加到（分類）數據庫中。NCBI的分類數據庫的目的是為序列數據庫建立一個一致的種系發生分類學。
文獻數據庫概要 ：
1、 PubMed —
一個關于生物醫藥科學的檢索系統，包括引用，摘要，和雜志的索引術語。它包括直接由出版商提供給NCBI的文獻引用以及鏈接到在出版商網址上的全文的URLs。PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整內容。它還包括一些被MEDLINE認為超出范圍的文章和雜志，（這些文章或雜志）由于內容或在某一時期不在索引范圍內。因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。
2、 雜志瀏覽器 — 允許你去查找收錄到PubMed系統的雜志的名字，MEDLINE的縮寫，或ISSN號碼。
3、
PubRef（開發中）—
一個關于來自于廣大范圍的科學雜志的數目記錄，和鏈接到出版商網址的全文。PubRef包含了PubMEd，加上了來自其它學科的雜志出版商提供的引用和摘要。因此它是比PubMed更大的集合。這個計劃的啟動是因為NAS要求為科學領域的核心刊物提供一個“白皮書”服務。
4、 PubMed中心（開發中） —
PubMed中心是一個無障礙的NIH資源，用于在生命科學領域中同業互查的基礎研究報告。從2000年一月開始接受雜志文章。所有在PubMed中心的材料將由目前任一主要的摘要和索引服務中列出的雜志提供，或者在編輯委員會中擁有3個以上有主要資金機構的研究經費的擁有人的雜志提供。
5、 OMIM — 在線人類孟德爾遺傳—經常更新的人類基因和遺傳失調的目錄，有鏈接到其它相關的文獻參考，序列記錄，和相關數據庫。
6、 書籍 — 同書籍出版商合作NCBI為網絡改編了教科書，并把他們鏈接到PubMed—生物醫藥書目數據庫。這是為了給PubMed提供背景信息，這樣使用者可以探究在PubMed搜索結果中不熟悉的概念。目前收錄的書有：
7、
Molecular Biology of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J.,
Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994, Garland Publishing.
8、 外部鏈接 —
一個登記服務，用于建立從在Entrez中的特定的文章，雜志，或生物數據到外部網址的鏈接。第三方可以提供一個URL，資源名字，關于他們網址的簡要的描述，和關于從NCBI數據的哪里他們希望建立鏈接的詳細說明。這個詳細說明可以用對Entrez有效的布爾查詢來寫，也可以用特定的文章或序列的標志列表來寫。這樣NCBI
PubMed的用戶將可以通過“NCBI小房間”服務（開發中）來選擇哪個外部鏈接在他們的搜索中是可見的。
9、 引用匹配 — 允許你找到任何一篇在PubMed數據庫中的文章的PubMed ID或MEDLINE UID，給出書目信息（雜志，卷，頁碼等）。
10、 單篇文章的引用匹配。
11、 許多文章的批量引用匹配。
12、 E-mail引用匹配也是可以的，也可以用于單篇或許多文章。如果要獲得幫助文件，給citation_matcher@ncbi.nlm.nih.gov寫一封只有內容為HELP的E-Mail。
Genomes and Maps Overview：
1、 Entrez基因組：人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，瘧原蟲，細菌，病毒，viroids，質粒，和真核細胞器。
2、 Entrez基因組（各種物種）
3、
Entrez基因組 —
超過800種在GenBank中被完整測序的物種，包括大于500種病毒，〉25種細菌，酵母，和許多viroids，質粒，和細胞器。還包括正在進行中的基因組，比如人，小鼠，線蟲，瘧原蟲，果蠅，利什曼原蟲，水稻，和玉米。提供完成的基因組/染色體的圖形概覽，并可以探究那些逐步細化的區域。也提供那些已經被NCBI工作人員分析過的物種的編碼區的摘要和TaxTables。另外，Entrez
Map
Viewer，Entrez基因組的一個軟件組成部分，提供整合的果蠅（細胞遺傳學和序列圖譜）和人類（細胞遺傳學，遺傳連鎖，序列，放射雜交，和其它圖譜）的染色體圖譜的瀏覽。
4、 通過每個物種的Entrez基因組頁面來下載〈350kb的基因組。
5、 通過NCBI ftp站點來下載〉350kb的基因組—參見在genbank/genomes目錄下的readme文件，ftp鏈接在每個物種的Entrez基因組頁面上也有。