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  • 發布時間:2020-07-27 17:12 原文鏈接: GenBank數據庫概述(四)

    NCBI站點地圖---其他基因組數據介紹:
    1、 小鼠基因組
    1) 小鼠基因組資源向導 :把從各個中心來的各種小鼠相關的資源整合在一起,包括序列,圖譜,和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。
    2) 小鼠基因組測序:小鼠基因組計劃的測序進展,HTG序列contigs(可以用大小和染色體號來瀏覽)由測序中心的數據建立,可以contig或染色體的形式來下載。
    3) 小鼠UniGene :被整理成簇的EST和全長mRNA序列,每一個代表一種特定已知的或假設的基因,有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網頁下載,完整的數據可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載
    4) 位點鏈接(LocusLink) :為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發布一個穩定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,圖譜信息,和相關的網址。LocusLink是NCBI,人類基因命名委員會,OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類,小鼠,大鼠,斑馬魚,和果蠅的位點,物種可以被分開或合在一起查詢。
    5) Entrez :包括了來自〉70000個物種的序列數據,可以用物種字段來限制記錄只在小鼠搜索。
    6) 人類/小鼠同源圖 :University of California at Davis的M. F. Seldin建立,一張比較人和老鼠在同源區段DNA上基因的表,按在每個基因組上的位置排列。
    2、 大鼠基因組
    1) 大鼠UniGene :被整理成簇的EST和全長mRNA序列,每一個代表一種特定已知的或假設的基因,有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網頁下載,完整的數據可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載
    2) 位點鏈接(LocusLink):為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發布一個穩定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,圖譜信息,和相關的網址。LocusLink是NCBI,人類基因命名委員會,OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類,小鼠,大鼠,斑馬魚,和果蠅的位點,物種可以被分開或合在一起查詢。
    3、 斑馬魚基因組
    1) 斑馬魚UniGene :被整理成簇的EST和全長mRNA序列,每一個代表一種特定已知的或假設的基因,有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網頁下載,完整的數據可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載
    2) 位點鏈接(LocusLink) :為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發布一個穩定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,圖譜信息,和相關的網址。LocusLink是NCBI,人類基因命名委員會,OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類,小鼠,大鼠,斑馬魚,和果蠅的位點,物種可以被分開或合在一起查詢。
    4、 果蠅基因組
    1) 黑腹果蠅主頁 : 提供所有可使用的果蠅資源的概要,用圖形的方式顯示了染色體,允許你通過Entrez基因組瀏覽器的方法來搜索整個基因組的細胞遺傳和序列信息。Entrez基因組提供了對于一個物種一致的遺傳,物理,和序列數據的圖形界面。當你用一個基因的代號來搜索時,它給出搜索結果的一個圖形的基因組視圖,從那你可以放大到你所感興趣的區域的更詳細的圖譜視圖,并且鏈接到序列數據和包含更多信息的相關資源。
    2) 黑腹果蠅基因組測序的狀態 :描述了目前在GenBank,Entrez Genomes,和FTP站點中的數據的范圍
    3) Entrez圖譜瀏覽器 :整合的染色體圖譜—圖譜瀏覽器是Entrez基因組的一個軟件組成部分,用來顯示一個或多個用共同標記或基因名字互相align過的圖譜,以及用相同序列進行比較過的序列圖譜。在人類基因組數據和搜索技巧文件中有關于目前可以使用的果蠅的序列和細胞遺傳學圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關于如何使用這個工具的一般說明。
    4) 位點鏈接(LocusLink): 為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發布一個穩定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,圖譜信息,和相關的網址。LocusLink是NCBI,人類基因命名委員會,OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類,小鼠,大鼠,斑馬魚,和果蠅的位點,物種可以被分開或合在一起查詢。
    5、 線蟲基因組
    Entrez基因組:染色體的圖形表示,可以整個的查看,也可以逐步放大的看。鏈接到相關的序列數據。
    6、 酵母基因組
    1) Entrez基因組 :染色體的圖形表示,可以整個的查看,也可以逐步放大的看。鏈接到相關的序列數據。
    2) COGs :相鄰類的聚簇 — 來自于完整基因組的基因家族自然系統。COGs用比較21種完整的基因組的編碼的蛋白序列描繪了17個主要的種系發生系統。每個COG包含至少來自3個世系的獨立蛋白或蛋白家族的相鄰體,所以對應了一個古老的保守domain。
    7、 瘧原蟲基因組
    1) 瘧原蟲遺傳學和基因組:提供與瘧原蟲遺傳學和基因相關的數據和信息。資源包括物種特異的序列BLAST數據庫(惡性瘧原蟲,所有瘧原蟲,以及弓形蟲),基因組圖譜,連鎖標記,以及遺傳學研究信息。鏈接到其他的瘧原蟲網站和相關的寄生蟲遺傳學數據庫包括弓形蟲。
    2) Entrez基因組 — 惡性瘧原蟲的染色體全長的圖形視圖,完整的染色體序列數據(2和3),鏈接到正在進行的染色體的分離數據表(來自于HB3 X Dd2雜交的染色體),鏈接到其他基因組測序中心。
    3) FTP站點 (pub/Malaria目錄):用于查找在DNA序列中STS的電子PCR瘧原蟲版。
    4) FTP站點 (genbank/genomes 目錄):下載各種格式的完整的染色體序列數據(2和3),包括GenBank的flat file (*.gbk),GenBank的概要文件(*.gbs),FASTA核酸文件(*.fna),FASTA氨基酸文件(*.faa),蛋白表(*.ptt)和其他。
    8、 細菌基因組
    1) Entrez基因組 — 完整細菌基因組的圖形表示,可以整個的查看,也可以逐步放大的看。鏈接到相關的序列數據。對每一個細菌都提供了一個編碼區域的概要和TaxTable。
    2) 微生物基因組測序計劃:完成的和正在進行的測序計劃,鏈接到NCBI的圖形視圖和測序中心。
    3) COGs :相鄰類的聚簇 — 來自于完整基因組的基因家族自然系統。COGs用比較21種完整的基因組的編碼的蛋白序列描繪了17個主要的種系發生系統。每個COG包含至少來自3個世系的獨立蛋白或蛋白家族的相鄰體,所以對應了一個古老的保守domain。
    4) FTP站點: 下載各種格式的完整的細菌染色體序列數據,包括GenBank的flat file (*.gbk),GenBank的概要文件(*.gbs),FASTA核酸文件(*.fna),FASTA氨基酸文件(*.faa),蛋白表(*.ptt)和其他。
    5) 微生物基因組BLAST數據庫 :與完成的和未完成的微生物基因組進行BLAST

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