實驗方法原理 本方法由 Bowtell 法(1987) 改進而成,可同時從許多不同細胞或者組織樣品中制備 DNA。本方案中的主要步驟包括將 DNA 沉淀在細胞裂解液和乙醇的交界面上,接著將沉淀的 DNA 纏繞到一個 Shepherd 氏鉤上。纏在鉤上的 DNA 從乙醇溶液中轉出溶于所選擇的液體緩沖液。這種收集高分子質量 DNA 沉淀的方法首次用于 20 世紀 30 年代。小片段 DNA 和 RNA 不能有效地整合入凝膠狀纏繞物。這些 DNA 往往太小(約 80 kb),不能用于構建基因組 DNA 文庫,但用于 Southern 雜交和聚合酶鏈反應則效果甚佳,也可用限制性內切核酸酶部分酶解后用于構建按大小進行分級的文庫。1 ml 培養的非整倍體哺乳動物細胞(2.0X107 個,如 HeLa 細胞)能產生 100 μg DNA。
實驗材料 λ 噬菌體的線性單體和多聯體哺乳類細胞、新鮮組織或血樣
試劑、試劑盒 細胞裂解液乙醇TE
儀器、耗材 脈沖電場凝膠或 0.6% 瓊脂糖凝膠Kimwipe 吸水紙聚丙烯管振蕩平臺Shepherd 氏鉤寬口移液管
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
細胞裂解液(6 mol/L 鹽酸胍,0.1 mol/L 醋酸鈉(pH 5.5))
乙醇(室溫)
TE ( pH 8.0)
2. 凝膠
脈沖電場凝膠或 0.6% 瓊脂糖凝膠
3. 核酸和寡核苷酸
λ 噬菌體的線性單體和多聯體
4. 專用設備
Kimwipe 吸水紙
聚丙烯管(50 ml)
振蕩平臺
Shepherd 氏鉤(替代透析的一種選擇)
寬口移液管(開口處直徑 0.3 cm)
5. 細胞和組織
單層或者懸浮培養的哺乳類細胞、新鮮組織或血樣
二、方法
1. 制備細胞懸液(或冰凍細胞粉末)的裂解液。
2. 采用下面兩種方法之一制備細胞裂解液。
(1) 從懸浮培養液裂解細胞
① 將細胞懸液轉移至一次性聚丙烯離心管。
② 加 7.5 倍體積細胞裂解液。
(2) 從組織裂解細胞
① 將冰凍細胞粉末一點一點加入盛有約 7.5 倍體積細胞裂解液的燒杯,使其分散于裂解液表面,而后振搖燒杯使粉末浸沒。
② 待所有材料溶解,將溶液轉移至離心管。
3. 關上離心管蓋,室溫中在振搖平臺上溫育 1 h。
4. 在一系列一次性 50 ml 聚丙烯離心管中加入 18 ml 處于室溫的乙醇。使用寬口移液管小心地使細胞懸液處于乙醇之下。
5. 用 Shepherd 氏鉤緩慢攪拌細胞裂解液和乙醇間的界面以回收 DNA。DNA 將黏附在鉤上形成膠狀物。繼續攪拌直至乙醇和水相完全混合。
6. 將黏附有 DNA 的 Shepherd 氏鉤轉移至另一含有 5 ml 室溫乙醇的聚丙烯管中。將 DNA 浸入乙醇直至完成所有樣品。
7. 移出黏附有 DNA 的每個 Shepherd 氏鉤,盡量使乙醇滴干。至此,DNA 收縮成緊密的脫水團塊。通常將鉤的 U 型末端與 Kimwipe 吸水紙接觸,便可通過毛細管作用去除大部分游離乙醇。當 DNA 上的乙醇尚未蒸發完全時,將鉤轉移至另一新的聚丙烯管,里面盛有 5 ml 處于室溫的乙醇。
8. 當全部樣品處理完畢,盡可能去除乙醇。
9. 將每個吸管轉移至盛有 1 mI TE 緩沖液(pH8.0) 的新聚丙烯管中。于 4℃ 過夜,使 DNA 重新水合。
10. 在水合過程中,DNA 將呈高度凝膠狀,但仍黏附于吸管上。用另一新 Shepherd 氏鉤做刮刀,溫和地將 DNA 沉淀從吸管上刮下來。棄去吸管,讓 DNA 沉淀漂浮于 TE 中。蓋上管蓋,于 4℃ 在振搖平臺上溫育直至 DNA 沉淀完全溶解(約 24~48 h)。
11. 在脈沖凝膠電泳或者 6% 瓊脂糖凝膠上分析。