實驗方法原理
捕捉相互作用蛋白的第一步是構建能夠表達 LexA 與目的蛋白的融合體的質粒。這種質粒轉化到包含 LEU2 和lacZ 報道基因的報道酵母株中，并要行一系列的對照實驗來鑒定所構建的誘餌蛋白是否適用，是否需要修飾，或是否應改變酵母菌報道條件。這些對照實驗實現了誘餌蛋白在酵母菌中作為一種穩定蛋白質合成、可進入細胞核并與 LexA 操縱子位點結合、不激活基于 LexA 操縱子的報道基因的轉錄。LexA 融合的誘餌蛋白必須是不能激活其他報道基因轉錄的在 EGY 48 株（或者相關的 EGY 191）中表達 LexA 融合蛋白不能在缺失 Leu 的培養基上生長，并且在含有 X-gal 的培養基上生長 的克隆是白色的。這種典型的誘餌蛋白質粒被用于在「相互作用蛋白捕獲」 中篩選文庫中的相互作用蛋白。
實驗材料 編碼目的蛋白的 DNA質粒（PEG202、pSH18-34、PSH17-4、pRFHM1 和 pJK101）酵母菌菌株 EGY48
試劑、試劑盒 完全（CM）培養基缺失成分平板Z 緩沖液（含 X-gal）Gal／CM 缺失成分液體培養基抗 LexA 或融合結構域的抗體無菌水
儀器、耗材 30℃ 培養箱尼龍膜Whatman 3 MM 濾紙
實驗步驟
1. 應用標準的亞克隆技術（圖 19.1.3），把編碼目的蛋白的 DNA 插入到 pEG 202（見圖 19.1.3）或別的 LexA 融合質粒中，建立融合蛋白讀框。
2. 把以下三組質粒分別用酸鋰法轉化到 EGY 48 中
pBait+pSH18-34（實驗）
pSH17-4+pSH18-34（陽性對照）
pRFHM1+pSH18-34（陰性對照）
3. 把每個轉化混合物放置在 Glu/CM-Ura、-His 缺失平板上。在 30℃ 孵育兩天，挑選包含雙質粒的酵母。
4. 步驟 3 中每組挑選 5 或 6 個獨立的克隆，在 Glu/CM-Ura、-His 缺失主平板上劃線，30℃ 過夜。
5. 將尼龍膜放置在酵母培養板上，浸濕，使克隆附著其上。移出膜并在空氣中干燥 5 min。將沾有菌落的一面朝上，于 -70℃ 冷凍 10 min。
6. 剪一張比尼龍膜稍大的 Whatman 3 MM 濾紙并浸泡于含 1 mg/ml X-gal 的 Z 緩沖液中。將尼龍膜置于其上，菌落面朝上。或者直接將尼龍膜放在盛有約 2 ml 含 1 mg/ml X-gal 的 Z 緩沖液的培養皿蓋中。
7. 在 30℃ 溫育并觀察菌落顏色的變化。
8. 將以下組合的質粒分別轉化酵母菌 EGY 48（三組轉化實驗）：
pBait+ pJK101（實驗組）
pRFHM1 + pJK101（阻遏作用陽性對照組）
pJK101 單一質粒（阻遏作用陰性對照）
9. 將每一種轉化混合物涂布于 Glu/CM-Ura、-His，或 Glu/CM-Ura 缺失成分培養基平板上，以便適于選擇帶有指示質粒的酵母菌細胞。30℃ 培養 2~3 天直至菌落出現。
10. 將菌落劃線在 Glu/CM-Ura、-His，或 Glu/CM-Ura 缺失成分主平板上，并于 30℃ 培養過夜。
11. 通過液體測定（采用 Gal/CM 缺失成分液體培養基），濾膜測定（步驟 1.5~1.7：從重新劃線到 Gal/CM 平板上培養過夜）來檢測 3 組轉化酵母菌株中的β-半乳糖苷酶活性（實驗組、陰性對照組、陽性對照組）。采用濾膜測定 1~2 h；采用 X-gal 平板 24~36 h。
12. 如果誘餌蛋白既不能激活也不能阻遏轉錄，那么應通過抗 LexA 抗體或抗實驗中合成蛋白的融合結構域的抗體對粗制裂解物進行免疫印跡分析檢測蛋白質合成。
13. 取一個轉化了 pBait 和 pSH18-34 報道質粒的 EGY48 酵母菌單菌落，分散于 500 μl 無菌水中。取出其中 100 μl 稀釋于 1 ml 無菌水，并用無菌水作 1:10 的連續稀釋至 1000 倍。
14. 從每一個稀釋濃度試管（包括未稀釋的 10 倍、100 倍和 1000 倍稀釋的試管）中各取 100 分別涂布 Gal/CM -Ura、-His 缺失成分培養基平板和 Gal/CM -Ura、-His、-Leu 缺失成分培養基平板，于 30℃ 培養過夜。
在相互作用子捕獲實驗中實際上是依據誘餌蛋白和酸性融合成對激活 LexA 操縱子-LEU2 基因轉錄并允許在 Leu-的培養基上生長的能力來進行選擇的，而不是單獨的誘餌蛋白本身。因此，Leu 需求測試是判斷誘餌蛋白是否可能有一個不切實際的高背景的最重要測試。對某些誘餌蛋白而言，EGY 48 中的 LEU2 報道蛋白比 pSH 18-34 報道蛋白更加敏感，因此誘餌蛋白在β-半乳糖苷酶 分析中只有很少或完全沒有信號，然而卻有些菌可能在 Leu 培養基上生長。如果這種情況發生，有幾種操作可以選擇，最直接的方法是用一個較不敏感的篩選株 EGY191 替代，然后重復分析。
注意事項
所有與細胞接觸的溶液和設備必須是滅菌的，而且操作時應采用適當的無菌技術