有了所有的重折疊篩選方法，你還必須獲得某種讀出（readout)來顯示哪種條件最有效 。最好的情況是你的目標蛋白質是已知的酶，且很容易分析。你只需將你溶解的蛋白質稀釋至不同的重折疊緩沖液中, 等待一些時間以完成重折疊(通常為數小時），然后取一部分稀釋的溶液分析其酶活性。
如果你想檢測各種條件對重折疊 GFP 這樣的熒光蛋白的影響就更簡單了，因為只有當 GFP 折疊正確時熒光才能恢復，而且在折疊中和折疊后也很容易通過合適的熒光平板讀取器進行測量。這給蛋白質重折疊的教學提供了非常好的訓練方法，并且已被用于冷泉港的蛋白質培訓課程中(R .Burgess、N. T h o m p s o n 、R . C h u m a n o v ，未發表的結果）。
然而，近來研究的大部分蛋白質既不是酶，也沒有簡單的生物學分析方法。如何知道哪種重折疊條件效果最好呢，下面的操作方案已經被使用并取得了巨大成功的 (R. C h u -m a n o v 和 R. Burgess, 未發表的結果）。 該操作流程相當普通, 利用了蛋白質聚集導致的溶液的渾獨（Tre’saugues et al.， 2004; Vincentelli et al.， 2004)。
(1) 準備洗滌過的包涵體，溶解于前面提到的幾種不同的離液劑中, 并離心除去不溶物 。蛋白質濃度應當為3?5 m g /m L 。
(2) 根據你認為可能起作用的變量和添加劑，準備一套待測溶液。
(3) 用移液器吸取 10 uL 溶解的蛋白質，將 其 移 人 9 6 孔微量滴定板（Linbro, 平 底 ，聚苯乙烯)的合適數目的孔中。
(4) 加 人 190 uL 待測的重折疊溶液, 在室溫下用移液器上下混勻數次以進行 2 0 倍的瞬間稀釋。
(5) 等 待 15?60 min, 讀 取 320 nm 的吸光度。溶液是不吸收光的，但蛋白質聚集物會散射光從而降低測量到的透射光的量。這種方法效果很好，因為波長越短，光的散射越強 ，蛋白質在320 nm 沒有吸收，而320nm 又是我們可以使用的最短波長，因為平板會對更短的波長有很大的吸收。在 320 nm 塑料導致的空白孔的吸光度大約為0.2 , 可以用溶液渾濁導致的表觀吸光度讀數減去該值以得到校正的濁度。
(6) 可以使用減去平板吸光度后得到的吸光度數值對溶液編號作圖, 這樣可以看出哪種溶液的濁度最低。校正后的濁度值一般為 0 .0 ?0 .4 。 我們常常發現多種條件都可以得到低的甚至是為零的校正濁度。使用不同的溶解試劑, 如6 m ol/L 鹽酸胍、8 mol/L尿 素 或 〇? 3% 十二烷基肌氨酸鈉將蛋白質變性通常會得到稍有不同的結 果 。
(7) 選 擇 2 種 或 3 種可以直接上樣 (經過過濾)至分析性分子篩色譜柱(A N S E C ，見本 章 5. 7 節)的最好條件。為了在大規模重折疊中真正有用，其同時還必須能夠直接上樣至合適的離子交換層析柱，其鹽濃度應約為 0. I m o l / L N a C U 將溶液(約 200uL ) 從相應的孔中取出，用注射器式濾器過濾或用微量離心管離心, 上樣至12 m L 的 A N S E C 層析柱 。一個能夠得到低濁度和經 A N S E C 層析柱分析大部分為單體的條件就是可能用于目標蛋白質大規模重折疊的條件