1、在噬菌體展示技術的應用中，M13噬菌體與其他噬菌體比有什么優點？
M13噬菌體和與其密切相關的絲狀噬菌體fd和f1均為非裂解性噬菌體，它們在增殖期間均不裂解宿主菌。這就極大地簡化了每輪淘選過程之間的中間噬菌體純化步驟，只用簡單的PEG沉淀方法就足以將噬菌體與其他所有污染的細胞蛋白分開。而其他用于噬菌體展示的噬菌體，如T7, T4和Lambda噬菌體，均為裂解性噬菌體，每輪淘選之間都需要花時間進行純化，以避免淘選擴增的噬菌體污染有細胞蛋白。
2、pIII蛋白展示和pVIII蛋白展示有什么不同?
絲狀噬菌體展示系統一般是在包膜蛋白pIII或pVIII的N端融合外源多肽。每個病毒子含５個拷貝的pIII蛋白，這五個蛋白都可以融合短肽而不影響噬菌體的感染力。而對主要包膜蛋白pVIII來說，每個病毒子含～2700個拷貝之多，其中約10%能有效地融合外源多肽或蛋白。這樣，以pIII融合子方式表達的多肽便是低價的（每個病毒子1~5個拷貝），而以pVIII融合子方式表達的多肽則是高價的（每個病毒子~200個拷貝）。這種高價pVIII展示所增加的親和力／性有利于篩選到親和力非常低的配體，而低價pIII展示則將篩選限制在具有較高親和力的配體上。
3、含與不含前導肽的pIII蛋白各有多大？
未加工的包膜蛋白pIII（含前導肽序列但不含展示肽的pIII蛋白）的分子量為44651 Da。不含前導肽序列的成熟pIII蛋白分子量為42579 Da。
然而，進行SDS-PAGE電泳時，pIII通常跑在分子量60-65 KDa附近，可能是因為該蛋白不同功能域之間含有特殊的甘氨酸富集的間隔區域。前導肽的氨基酸序列是MKKLLFAIPLVVPFYSHS （注意起始甲硫氨酸Met是由密碼子GTG編碼的）。
4、文庫克隆載體可以買到嗎？
用來構建所有這三種Ph.D.文庫的載體，M13KE，是可以購買到的。M13KE是M13mp19的衍生株，其pIII基因的5’端構建了限制性酶切位點，用戶可以將設計好的人工基因盒（synthetic cassette）插入此處構建自己的肽庫。因為M13KE是噬菌體，而不是噬菌粒載體，所以在已加工病毒子上的所有5個拷貝的pIII蛋白均攜帶有展示肽序列。另外，大于20-30個殘基的展示多肽會影響噬菌體的感染力，所以此載體僅適合展示短的多肽，而不能展示大的蛋白分子或cDNA文庫。
5、有anti-M13的抗體嗎?
市面上有抗-M13的抗體，抗-M13的抗體為多克隆抗體，主要識別pVIII抗原。
6、可以對文庫進行擴增以便多做幾輪淘選試驗嗎?
強烈建議不要對產品中所提供的原始文庫進行擴增。因為體內序列偏性現象很可能導致某些序列在擴增后的文庫中所占比例大大降低，甚至完全缺失。所提供的文庫都是在連接后僅擴增了一次，文庫所有的特征（代表性的測序數據，淘選數據等）都是在擴增銷售貯存液的基礎上進行的，一旦進行再擴增，我們便不能保證每種文庫中所報道的氨基酸分布數據依然成立。
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