【實驗原理】
擴增片段長度多態性(amplified fragment length
polymorphisms,Amp-FLP)根據PCR技術原理,針對靶基因座的側翼序列設計一對特異性引物,采用適當的PCR
反應體系和熱循環條件,可擴增出該基因座等位基因。PCR
產物經電泳分離、顯帶后,雜合子為兩條長度不等的片段,純合子為一條片段。根據片段長度判定等位基因和基因型。
vWF III 位點是以TCTA 四個核苷酸為重復單位的短串聯重復位點,位于vWF 基因第40內含子中。
【實驗儀器】
Ependoff 管、微量加樣器、臺式離心機、PCR 擴增儀、電泳儀、電泳槽
【實驗試劑】
1.引物(10umol/L) 2.Taq DNA 聚合酶(0.5U/ul)
3.10× buffer 4.dNTP(每種25mM)
5.無菌去離子水 6.液體石蠟
7.聚丙烯酰胺母液(T=30%,C=5%) 8.TEMED(四甲基乙二胺)
9.PAS(10%過硫酸銨) 10.TBE(1X, 5X)
11.尿素
12.上樣緩沖液—0.25%溴酚藍,0.25%二甲苯青,98%甲酰胺
13.固定液—10%冰醋酸
14.染色液—2g AgNO3,3ml 37%甲醛溶于2L 水中
15.顯色液—60g Na2CO3,3ml 37%甲醛,400ul 12%硫代硫酸鈉溶于2L 水中
【實驗方法】
一、 PCR 擴增
1 PCR 擴增體系:無菌去離子水 8.5ul
10X Buffer 2ul
引物1 2ul
引物2 2ul
dNTP 1.5ul
Taq 酶 2ul
DNA 模板 2ul
總體系20ul(最后加模板),其中含有1.5mmol/L MgCl2,50mmol/L KCl,10mmol/L Tris
?HCl(pH8.4),dNTP 各187.5umol/L,Taq DNA 聚合酶1U,引物各1.0umol/L,模板DNA 50~100ng。
2.PCR 擴增條件:94℃預變性35sec;94℃變性45sec,58℃退火和延伸4min,30 次循環后于72℃繼續保溫8min。
二、 PCR 擴增產物的檢測
聚丙烯酰胺凝膠電泳及銀染:
凝膠制備: 聚丙烯酰胺母液(T=30%, C=5%) 4ml
5X TBE 4ml
尿 素 8.4g
加水至20ml, 配成終濃度T=30%, C=5%的工作液。在工作液中加入200ul PAS 和20ul TEMED 充分混勻后迅速灌入凝膠模,水平放置30min 凝集后即制成聚丙烯酰胺凝膠。
電泳:將凝膠板置于電泳儀上,電極緩沖液為1X TBE,將加有1/5 體積上樣緩沖液的PCR 擴增產物上樣電泳,10W 電泳1h 左右停止電泳。
顯譜: 200ml 固定液中固定30min。
蒸餾水洗3 次,每次3min。
200ml 染色液中染色30min。
蒸餾水快速沖洗凝膠一遍(20s 以內)。
加入200ml 顯色液,5min 左右顯色。
加入10%冰醋酸終止顯色,水洗后凝膠干燥保存。
三、結果判讀與分析
根據片段長度判定等位基因和基因型。雜合子為兩條長度不等的片段,純合子為一條片段。