未來要解決的問題
miRNAs在多個物種中廣泛被發現，而且在進化上高度保守。這些“小玩意兒”留給我們一大堆謎團：miRNA的確切功能是什么？它的目標靶是什么？作用機制是什么？也許需要對植物或者線蟲的基因組進行miRNAs突變株的篩選，在果蠅中可以用targeted-
disruption缺失miRNA序列。對miRNA突變株伴隨的表型缺失進行研究，有助于解釋miRNAs的功能。
正如Phillip Zamore說的：“如果miRNAs在進化的進程中如此高度保守而沒有任何實際功能，那真是大自然拿科研人員開涮――而且是一個殘酷的玩笑”。
研究miRNA的新工具
隨著小分子RNA日益收受到研究人員的重視，很多研究小分子RNA的新方法不斷推出。
分子RNA的分離
由于小分子RNA可能參與分化、發育、組織生長、脂肪代謝等生理過程，在不同的組織和發育階段的表達水平有所不同，進一步了解小分子RNA的生物功能需要確定其在各種生物樣品中的表達水平，因而需要一種精確的定量純化方法，從而得到可信的數據。
現行的RNA純化方法包括有機溶劑抽提+乙醇沉淀，或者是采用更加方便快捷的硅膠膜離心柱的方法來純化RNA。由于硅膠膜離心柱通常只富集較大分子的RNA（200nt以上），小分子RNA往往被淘汰掉，因而不適用于小分子RNA的分離純化。有機溶劑抽提能夠較好的保留小分子RNA，但是后繼的沉淀步驟比較費時費力。MirVana
miRNA Isolation Kit是采用玻璃纖維濾膜離心柱(glass fiber
filter，GFF)，既能夠有效富集10mer以上的RNA分子，又能夠兼備離心柱快速離心純化的優點，是一個不錯的選擇。對于特別稀有的分子，由于需要分離大量RNA而導致高背景而降低靈敏度，還可以進一步富集10mer到200bp的小分子RNA來提高靈敏度。
小分子RNA探針的制備
方法其實很簡單：只需要準備目的基因的一小段寡核苷酸序列，3'端另外增加8個和T7啟動子互補的堿基，將這段寡核苷酸和T7啟動子引物退火，用Klenow大片斷補齊得到雙鏈的轉錄模版，然后用T7RNA聚合酶、rNTP和標記物混合，體外轉錄得到標記的小分子
RNA探針。這種方法可以快速制備各種標記（同位素、非放射性標記均可）的小于100nt的小分子RNA探針，適用于包括RPAs，Northerns和原位雜交等各種方法檢測小分子核仁RNA(small
nuclear RNA, snRNA)，small interfering RNA (siRNA)，micro RNA
(miRNA)和mRNA。非放射性標記的探針還可以用于原位雜交研究miRNA或者mRNA在組織中的分布。
小分子RNA的檢測
由于小分子RNA是一類很小的分子，部分小分子RNA表達水平可能很低，因而需要極為靈敏而定量的分析工具。由于其分子很小，用RT-PCR的方法來定量研究非常困難，目前多數研究人員采用Northern
Blots――一種技術復雜而費力的方法來檢測小分子RNA的存在。傳統的的Northern
Blot方法是是用探針檢測固相支持物（膜）上的目標分子，由于用探針檢測液相中的目標分子遠比檢測固相中的目標更為靈敏，這里推薦一種基于核酶保護分析方法改進的新方法――將同位素標記好的小分子RNA探針和待檢測樣品混合雜交，未雜交的RNA和多余的探針用單鏈核酸酶消化，然后使核酸酶失活，并純化雜交的RNA分子，最后通過變性膠電泳放射自顯影檢測結果。這個基于液相雜交的新方法不但操作簡單而快速，而且靈敏度極高――可以半定量檢測少至10ng總
RNA模版中的小分子RNA，或者說，可以檢測attomole (10-18mol)級別的靶目標！靈敏度是Northern
Blot的100倍。除此之外，研究人員還可以在同一個樣品中同時檢測多個小分子RNA和長的RNA模版。應該說，這個靈活巧妙的設計可以為從事小分子
RNA實驗的研究人員帶來不少方便。
總而言之，無論是siRNA, miRNA, snRNA還是其他的小東西，小分子RNA研究的不斷深入將幫助我們揭示更多生命的奧秘。