2、離子交換色譜（ion exchange chromatography）
蛋白質、多肽均屬于兩性電解質，在緩沖液pH小于其等電點時，帶凈正電荷，而在緩沖液pH大于其等電點時，帶凈負電荷。陰離子交換凝膠本身帶有正電荷基團，陽離子交換凝膠本身帶負電荷基團。由于靜電相互作用而使樣品結合到凝膠上，再采用鹽濃度梯度或者更換緩沖液的pH值進行洗脫
對于等電點小于5.0的酸性蛋白質，推薦使用陰離子交換，對于等電點大于7.0的堿性蛋白質，推薦使用陽離子交換。
兩種模式：一種使目的蛋白結合凝膠，通過梯度洗脫；一種使目的蛋白不結合凝膠，而大部分雜質結合凝膠，則穿過液中含有目的蛋白。
column chromatography（柱色譜）
batch chromatography（批色譜）
c、疏水作用色譜
利用蛋白質、多肽在高鹽存在下，可以結合疏水凝膠，而在鹽濃度降低時又可以解脫的原理實現分離。
d、親和色譜
利用蛋白質、多肽與某些配基的特異性相互作用而進行分離。例如：酶-底物，酶-抑制劑，糖蛋白-凝集素，抗原-抗體等。近來發展了金屬螯合親和色譜，用于純化表面含色氨酸、酪氨酸、組氨酸等的蛋白質以及(His)6-tagged重組蛋白。
親和色譜分為特異性親和色譜和組別親和色譜兩類。肝素、凝集素、染料、金屬螯合親和色譜均為組別親和色譜（同一配基可以結合許多種蛋白質）。
e、反相色譜
常用于蛋白質、多肽的HPLC分析，以及多肽的精細制備分離，分辨率極高，可以分離兩種僅相差一個氨基酸的多肽。如血管緊張素（angiotensin）的幾個亞型通過反相色譜可以很好地分離。
同一個樣品在同一Source 30 RPC柱上進行分離，由于色譜條件進行了改變，色譜圖截然不同，說明反相色譜具有高度的選擇性。
四、應用舉例
例一、一種抗HIV gp120單克隆抗體的Fab片斷（E.coli中表達）
分子量：50 kD
等電點：11
表達定位：周質（periplasmic）
純化策略：滲透壓休克提取周質，陽離子交換去除大部分雜質，疏水作用色譜進一步去除雜質，最后用凝膠過濾分離。
例二、重組表達的α-淀粉酶
分子量：49.2 kD；等電點：~6
先采用陰離子交換，再進行疏水作用色譜，最后進行凝膠過濾。
例三、重組表達的乙型肝炎表面抗原的分離
1、史克公司：（酵母細胞表達）
破碎細胞，表面活性劑抽提，離心沉淀、超濾，再經凝膠過濾、陰離子交換，超速離心純化，脫鹽，除菌過濾，吸附，分裝。
2、Merck公司：（酵母細胞表達）
破碎細胞，去碎片，抗原用多孔硅玻璃吸附，洗脫，凝膠過濾，甲醛處理，明礬吸附，疫苗。
3、巴斯德研究所：（CHO細胞表達）
培養上清液，離心去碎片，50%硫酸銨沉淀，離心，50%KBr處理，脫鹽、超濾濃縮、Sepharose CL-4B凝膠柱分離。
4、Below，M.Bioseparation.1(1991).397工藝
破細胞，去碎片，加硫酸銨至一定濃度后，直接上Butyl-Sepharose 4 FF疏水柱，脫鹽后上DEAE-Sepharose FF，超濾濃縮后上Sepharose 4 FF凝膠過濾柱.
例四、尖吻蝮蛇毒凝血酶樣酶的分離
（注射用降纖酶）
分子量：38 kD；等電點：~5.4
原工藝：陰離子交換，凝膠過濾，第二次陰離子交換，凝膠過濾
達到95%以上純度，產量6000-10000單位/克蛇毒。(兩周)
新工藝：親和色譜，陰離子交換，凝膠過濾，親和色譜（一周）
純度達到98.5%以上，產量達20000-25000單位/克蛇毒。
尖吻蝮蛇毒經過五個步驟的分離純化后，獲得了單成分降纖酶組分，電泳為一條帶，HPLC為單峰。
如上所示，由于每一個步驟均會帶來一定的損失，故在可能的情況下應盡量減少下游純化的步驟（在保證達到所需純度的前提下）。