（2）樣品預處理
a、去除樣品中顆粒物（0.45-0.22微米膜過濾或者10000 g離心15分鐘）
b、去除樣品中脂類（10000 g離心15分鐘或有機溶劑抽提）
c、去除樣品中核酸（加入核酸酶消化或者使核酸沉淀）
d、抑制樣品中蛋白水解酶（加入蛋白酶抑制劑、低溫下快速第一步分離或在蛋白酶缺陷宿主中表達重組蛋白）
表 2 樣品中有害雜質及去除辦法
| 雜質 | 害處 |
預防措施 |
| 顆粒物 | 堵塞柱子 | 增大反壓力 0.45-0.22微米膜過濾；10000 g 離心10-15分鐘；細胞勻漿，4000-5000 g離心30分鐘。 |
| 脂類 | 封閉介質配基、導致沉淀、導致非特異吸附 | 10000 g離心10-15分鐘；若目標分子穩定，用有機溶劑抽提 |
| 核酸 | 高粘度、封閉介質結合位點 | 加入 核酸酶消化，或使核酸沉淀 |
| 蛋白酶 | 降解目的蛋白 加入蛋白酶抑制劑 |
用親和色譜除去蛋白酶；快速進行第一步分離；低溫下進行分離；在蛋白酶缺陷的宿主中表達重組蛋白 |
由于不同的色譜方法的原理不同，其對樣品的要求也不相同，所以必須在進行色譜之前，根據特定色譜方法的要求對樣品進行進一步的處理。如下表所示：
表3 不同色譜方法對于樣品的要求
| 樣品參數 | 離子交換色譜 | 疏水作用色譜 | 凝膠過濾色譜 |
| 樣品體積 | 無限制 | 無限制 |
一般柱體積的1-5% |
| 樣品量 | 最大理論載量的10-20% | 最大理論載量的10-20% |
僅受到樣品粘度限制 |
| 樣品粘度 | 約<50mg/ml | 約<50mg/ml | 約<50-100mg/ml |
| pH值／鹽濃度 | 同平衡緩沖液（低鹽） | 同平衡緩沖液（高鹽） | 僅受介質與樣品穩定性限制 |
| 有機溶劑 | 為減少非特異吸附,可加入有機溶劑(<30%) | 分離后，可用有機溶劑進行清洗 | 僅受介質與樣品穩定性限制 |
（3）樣品的保存條件： 短期儲存（小于24小時）
a、避免接近或超過樣品的穩定極限防止蛋白質變性或沉淀
b、在密閉容器中冰箱冷藏
較長期儲存（數天）
a、b、同上
c、加入適當的抑菌劑
長期儲存
a、同上
b、冰凍或者最好凍干（真空冷凍干燥）保存。
3、對每一純化步驟的評價相關方法的建立
a、目的蛋白含量測定
酶活性測定、生物活性測定、放射免疫、酶聯免疫、免疫電泳、熒光。
b、總蛋白含量測定
紫外吸收法、Lowry法、Bradford染料結合法（考馬斯亮蘭G-250）等。
c、樣品復雜度檢測
HPLC（離子交換、凝膠過濾、反相）、SDS-PAGE、等電聚焦、毛細管電泳（CE）。