7．密度
多數蛋白質的密度在1.3~1.4g/cm3之間，分級分離蛋白質時一般不常用此性質，不過對含有大量磷酸鹽或脂質的蛋白質與一般蛋白質在密度上明顯不同，可用密度梯度法離心與大部分蛋白質分離。
8．基因工程構建的純化標記
通過改變cDNA在被表達的蛋白的氨基端或羧基端加入少許幾個額外氨基酸，這個加入的標記可用來作為一個有效的純化依據。
8．1GST融合載體
使要表達的蛋白質和谷胱甘肽S轉移酶一起表達，然后利用Glutathione Sepharose 4B作親和純化，再利用凝血酶或因子Xa切開。
8．2蛋白A融合載體
使要表達的蛋白和蛋白A的IgG結合部位融合在一起表達，以IgG Sepharose純化。
8．3含組氨酸標記（Histidine-tagged）Chelating Sepharose
最通行的標記之一，是在蛋白質的氨基端加上6~10個組氨酸，在一般或變性條件（如8M尿素）下借助它能與Ni2+螯合柱緊緊結合的能力，用咪唑洗脫，或將pH降至5.9使組氨酸充分質子化，不再與結合Ni2+使之得以純化。
重組蛋白在設計、構建時已融入純化構想。樣品多夾雜了破碎細胞或可溶產物，擴張床吸附技術STREAmlINE適合做粗分離。
9．親和能力
結合效率高，分離速度快的特點。配基可是酶的底物、抑制劑、輔因子、特異性的抗體、
吸附后可改變緩沖液的離子強度和PH的方法，洗耳恭聽脫下來，也可用更高濃度的同一配體溶液或親和力更強的配體溶液洗脫
親和層析固定相的配基與生物分子之間的特殊的生物大分子親和能力不同來進行相互分離的，依親和選擇性的高低分為：基團性親和層析，固定相上的配基對一類基團的極強的親和力。如含有糖基的一類蛋白質或糖蛋白對三嗪染料顯示特別強的吸附能力；高選擇性（專一性）親和層析，配基僅對某一種蛋白質有特別強的親和性。如單克隆抗體對抗原的特異性的吸附。
親和層析除特異性的吸附外，仍然會因分子的錯誤認別和分子間非選擇性的作用力而吸附一些雜蛋白質，另洗脫過程中的配體不可避免的脫落進入分離體系。
與超濾結合起來，將兩者優點集中形成超濾親和純化，具有高分離效率和大規模工業化的優點，適用于初分離。
按配基的不同可分為：
（1）金屬螯合介質
過渡金屬離子Cu2＋、Zn2＋和Ni
2＋等以亞胺絡合物的形式鍵合到因定相上，由于這些金屬離子與色氨酸、組氨酸和半胱氨酸之間形成了配價鍵，從而形成了亞胺金屬—蛋白螯合物，使含有這些氨基酸的蛋白被這種金屬螯合親和色譜的固定相吸附。螯合物的穩定性受單個組氨酸和半胱氨酸解離常數所控制，從而亦受流動相的pH和溫度的影響，控制條件可以使不同蛋白質相互分離。
（2）小配體親和介質
配體有精氨酸、苯甲酰胺、鈣調因子、明膠、肝素和賴氨酸等等。
（3）抗體親和介質
即免疫親和層析，配體有重組蛋白A和重組蛋白G，但蛋白A比蛋白G專一，蛋白G能結合更多不同源的IgG。
（4）顏料親和介質
染料層析的效果除主要取決于染料配基與酶的親和力大小外，還與洗脫緩沖液的種類、離子強度、PH值及待分離的樣品的純度有關。配體有 Cibacron
Blue和Procion
Red兩種。在一定的條件下，固定化的染料能起陽離子交換劑的作用，為了避免此現象的發生，最好要離子強度小于0。1和PH大于7時操作。
（5）外源凝集素親和介質
配體有刀豆球蛋白、扁豆外源凝集素和麥芽外源凝集素，固相外源凝集素能和數種糖類殘基發生可逆反應，適合純化多糖、糖蛋白。