1. 連接產物10μL、5×KCM溶液10μL、雙蒸水30μL,(共50μL)混勻,置冰上。
2. 從-70℃冰箱中取 1支感受態細胞,置冰上。融化后立即取50μL,加入步驟1中的混合液中,輕輕吹打數次混勻(不可用力過大,不可渦旋), 立即置冰上。
3. 冰上放置20 分鐘。
4. 室溫放置10分鐘。
5. 加入500μL新鮮LB, 150轉37 ℃ 1小時。
6. 6000轉/分 5分鐘離心收菌。留150μL上清(其余上清丟棄),吹打數次,重懸菌體。
7. 涂板。 37 ℃ 孵箱過夜。
(提示:可使用質粒轉化該感受態細菌,檢驗轉化效率。1μL的質粒轉化,DH5α菌板滿板不可計數;BL21菌板有200-300個菌落。)
小結:
本方法采用簡潔的步驟。最有特點的地方是片斷回收后收到一個試管中,而不象一般的操作分別收到不同的試管中,回收后再電泳定量,并計算大小片斷的比例,最后配置連接體系。
這種簡潔的步驟不僅提高效率、避免引入人為的誤差(例如肉眼對DNA的定量的誤差),還減少了DNA的損失,保證了更多的DNA(實際上是全部的 DNA)進入下面的連接反應。
所以本方法的第一個優點,是保證連接和轉化中,有“足夠量”的核酸。 連接和轉化的核酸量得到保證,克隆 成功就得到保證。
例如本方法中,制作大片斷的A質粒取3μL,對于通常的小提質粒,3μL意味者600-1800ng的DNA。一般認為大片段的適當范圍是
50-200ng/10μL連接反應。本方法即使在回收過程中損失一半,仍然剩300-900ng。實際上,使用本方法,在片斷平移的克隆
中,如果把轉化的菌液全部涂板,得到的克隆 多得不可計數;片斷平移克隆 實際上只取一半轉化菌涂板即可。 PCR接入載體的克隆
效率沒有那么高,但是一般也達到40-60轉化子/平板。
本方法的另一優點,是這些看起來固定的步驟,例如酶切、酶連、以及轉化等方案,實際上已經遵循了很多原則,而且這些步驟之間互相平衡,組成一個很穩定和可操作性很強的系統。
例如起始酶切A質粒和B質粒的量——3μL:7μL,已經隱含了載體:插入片斷=1:2~3的比例(PCR克隆
經折算后大概是1:5~10)。即使加上DNA回收中會損失、大片斷和小片斷回收效率不同、酶切質粒同酶切PCR效率不同等影響因素,最后回收在試管中的大小片斷比例仍然可以落在一個合適的范圍內。
酶切使用的酶量,是經過計算的。可以保證是采用3-5倍的量切割質粒或PCR片斷,因此可以保證酶切反應的效率。
連接反應在4℃下可以達到最大的轉化率。實際上對于大多數粘端突出3堿基的酶切位點,18 ℃ 3小時已經足夠。
Nucleic Acid Research上登載的感受態菌制備方法,可以得到效果很穩定的感受態細胞。每微克DNA可獲得10的八次方個轉化子。
因此,這套方法考慮到了克隆 的每個重要環節,并以可靠的手段將這些環節“固定”下來。這套方法對于操作者和試劑帶來的波動也有很好的“容錯”能力,或者說,它的系統冗余比較大,保證了這套方法極高的成功率。