1、曲霉菌屬
曲霉菌是一種典型的絲狀菌，占空氣中真菌的12%左右，它以土壤或空氣為媒介, 可引起食物、谷物、豆類和果蔬的霉腐變質，該霉菌在原料貯藏期間幾乎不會死亡。因其對干燥抗性強, 故常在一些干燥食品中被分離出來，糖類和殼類處理工廠常被此類霉菌污染，而烘焙產品中也常因原料，如糖、花生、油、大米、大豆、綠豆等原料帶入曲霉菌污染。
曲霉顯微鏡下表現：
（1）曲霉菌絲有隔膜，直徑3-6um；
（2）分支呈銳角45°；
（3）菌絲兩側平行。
肉眼可以通過菌落生長速度，表面質地、顏色、形態和氣味等鑒別，其中顏色是曲霉菌分類的依據之一 。
（1）煙曲霉
菌落開始為白色，2-3天后轉為藍綠色，但邊緣仍為白色，數日后變為深綠色、煙綠色。初為絨狀或絮狀，隨著時間推移變為粉末狀，邊緣部分也出現顏色，背面無色或帶點褐色。
（2）黃曲霉
它是溫暖地區常見曲霉菌，在20-30℃最易產生強致癌的黃曲霉毒素，花生、玉米，大米、小麥、豆類、堅果類、肉類、乳及乳制品、水產品等均有黃曲霉毒素污染。菌落正面色澤也隨其生長由白色變為黃色及黃綠色，呈半絨毛狀。孢子成熟后顏色變為褐色。表面平坦或有放射狀溝紋，背面無色或略呈褐色。
（3）黑曲霉
黑曲霉菌落初為白色，常有鮮黃色區域，厚絨狀，繼而黑色，背面無色或中央部分略帶褐色，且能引起曲霉菌病，還能產生黑曲霉毒素。
（4）土曲霉
土曲霉菌落淡褐色或褐色或土黃色，比較小，呈圓形。
（5）雜色曲霉菌
形緊密，呈絨毛狀、羊毛狀或兩者兼有，顏色變化范圍相當廣泛，在不同菌株的菌落上，有時局部會出現淡綠、灰綠、淺黃或粉紅等顏色，而菌落背面則近乎無色、黃橙色或玫瑰色；有的菌落上會形成無色至紫紅色的液滴。
（6）構巢曲霉菌
菌落圓形，暗綠色，中央呈粉末狀，邊緣絨毛狀，當產生大量閉囊殼時呈黃褐色，背面紫紅色。
2、青霉
它是一種常見的污染菌，與曲霉一樣在自然界中廣泛分布，但曲霉生長于中溫至高溫、孢囊梗末端膨大、多為放射狀，而青霉以中溫性為主、孢囊梗末端不膨大、多為掃帚狀，主要藍有灰綠青霉黃綠青霉、桔青霉、島青霉等，從土壤或空氣中很易分離。青霉的孢子耐熱性較強，菌體繁殖溫度較低，酒石酸、蘋果酸、檸檬酸等烘焙產品常用的酸味劑又是它喜愛的碳源，因而常常引起這些制品的霉變，青霉也極易污染稻谷，而使米粒變黃，這類變質米稱這為“ 黃變米”。
青霉一般在冬季和春季生長旺盛，容易造成稻谷、水果、蔬菜、肉食及衣履腐敗。若是加強通風、降低溫度，減少空氣相對濕度，可以大大減輕青霉的危害。菌落正面有青綠色、藍綠色、黃綠色和灰綠色，四周有明顯的淡色邊緣。
3、毛霉
毛霉又叫黑霉、長毛霉，在土壤、糞便、禾草及空氣等環境中存在，高溫、高濕度以及通風不良的條件下生長良好。在工廠濕度高的環境、通風不良的環境與氣溫差異顯著的地方(如濕的地板和天花板) , 常有此霉菌存在。
毛霉分為多種毛霉，通常菌落為絮狀，初為白色或灰白色，后變灰至褐灰色，毛霉無假根。毛霉的菌絲多為白色，孢子囊黑色或褐色，孢子囊孢子大部分為無色或淺蘭色，因種而異，主要有以下幾種：
（1）高大毛霉，孢子梗直立不分枝，菌絲不分枝，菌絲高達3-12cm，菌落初為白色，逐漸變為淺淡藍色。
（2）總狀毛霉，毛霉中分布中最廣的一種，孢子梗總狀分枝，菌絲灰白，直立稍短。
（3）魯氏毛霉，孢子梗為假軸狀分枝，菌絲在不同的培養基上可略有顏色。
4、根霉
根霉，為腐生菌，最常見的是匍枝根霉【又稱黑根霉、面包霉】和米根霉，多生于面包、饅頭和富含淀粉質的食物上，使食物腐爛變質，又能引起甘薯軟腐病。黑根霉是目前發酵工業上常使用的微生物菌種，能糖化淀粉、轉化蔗糖 ，產生乳酸、反丁烯二酸及微量酒精。黑根霉需要氧氣才可以存活，最適生長溫度約為28℃，超過32℃不再生長。
無定形菌落，初形成時為灰白色或黃白色，成熟后變成灰褐色或黑色。匍匐菌絲弧形，無色，向四周蔓延。孢子囊剛出現時黃白色，成熟后變成黑色。其中的孢子靠氣流傳播，喜中溫，高溫偏酸的條件。
5、交鏈孢霉
交鏈孢霉屬中溫性和好濕性霉菌，易造成腐朽、腐敗和過敏。在高濕度的工廠環境(如糕點、魚肉、水產加工與肉食加工環境) 的天花板、墻與地板、配水管的黑色霉菌, 幾乎為該菌或枝孢霉。菌落呈絨毛狀，多為灰黑色至黑色。
6、鐮刀菌
鐮刀菌是一類世界性分布的真菌，它不僅可以在土壤中越冬越夏，還可侵染多種植物(糧食作物、經濟作物、藥用植物及觀賞植物)，引起植物的根腐、莖腐、莖基腐、花腐和穗腐等多種病害，寄主植物達100余種。本可產生鐮刀菌毒素，食用霉變的糧食可導致人患病和死亡，某些菌種可誘發人皮膚和角膜潰瘍，惡性腫瘤的發生可能與有的菌種有關。
菌核顏色一般有黃色、白色、紫色、紅色、綠色等。菌核的形狀多為球形，單生或叢生。
霉菌的危害
食品受到霉菌污染容易引起食品的變質，表現為食品表面長出菌絲體，氣味異常，失去食品原有的色香味，導致食品軟化和腐爛，失去食用價值，甚至會產生霉菌毒素。
目前已知的霉菌毒素有200多種，危害比較嚴重的有黃曲霉毒素、赫曲霉毒素、發色曲霉毒素等。這些毒素可引起人和動物的急、慢性中毒，并與某些癌癥有關，對人體健康和生命安全造成嚴重威脅。但也不是所有的霉菌都是有害的。例如食品發酵工業制造腐乳、醬油、豆豉等食品就是應用了有益的霉菌，所以不必談“霉”色變。
霉菌污染的原因
食品發生霉變，可能是加工用料受到霉菌污染，或是儲存、運輸控制不當引起的。當然，只有溫度和濕度等環境條件適宜時，污染了霉菌的食物才有發生霉變的可能。大多數霉菌在濕度為85%~90%、溫度在25℃~30℃范圍內會迅速繁殖生長。研究結果表明，在糧食、豆類、果類及加工制品中，如常用的大米、小米、小麥、黃豆、油料作物的種子、水果、干果、乳制品、發酵食品和動物飼料中，均發現過霉菌毒素。同時食品霉菌毒素中毒往往表現明顯的地方性和季節性，如在南方潮濕的地區和梅雨季節比較容易發生。