微生物耐藥率不斷增加的原因主要是：不合理使用和濫用，如美國用于人類抗感染與農牧業應用各占50%，其中用于院內抗感染僅占20%，而社區卻占了80%，濫用率為20%~50%；在農牧業中治療性應用僅占20%，而預防和促生長應用卻占了80%，濫用率為40%~80%，每年有4萬死亡病例是由耐藥菌所致。我國的濫用現象較美國更為嚴重，WHO對我國濫用抗菌藥的評估是：中國97%的病毒性支氣管感染患者使用了抗菌藥；在初級醫療保健體系中30%~60%患者使用了抗菌藥；
私人醫師對兒科病人的41%使用了抗菌藥；醫院獲得性感染顯著增加；食源性感染大幅度增加。就連FDA在2000年4月剛批準問市的“超級抗菌藥”利奈唑胺(Linezolid) , 即在同年的5月~12月巳有5例耐藥報告,其速度之快令人驚呀!總之,細菌耐藥性已成為全球性問題, 突出表現在耐藥的速度越來越快，耐藥的程度越來越重，耐藥的微生物越來越多，耐藥的頻率越來越高，耐藥造成的后果越來越棘手，耐藥造成的負擔越來越不堪承受。自1929年亞歷山大弗萊明發現青霉素以來，人類和細菌就開展了一場殊死的競爭。大半個世紀以來，這場競爭總的來說，人類（抗菌藥物）始終保持著微弱的領先地位。80年代人們認為已經征服了所有傳染病，實際上這只不過是一個幻想。由于濫用抗微生物藥物，更加快了微生物耐藥基因蔓延的速度。耐藥性的產生,使患者不能得到有效的治療，延長患病時間，增加患者死亡的危險性，使流行病發生的時間更長，使其他人感染的危險性增大，使抗感染的費用急劇增加。對耐藥菌治療的所需費用為敏感菌的100倍，如美國因耐藥性而使抗感染每年多花400億美元，其中僅因耐藥金葡菌所致感染每年要多花費1.22億美元，院內感染每年要多花費45億美元。
微生物耐藥的機制
微生物耐藥的機制比較復雜，主要有1. 產生藥物失活酶,如b內酰胺酶可使b內酰胺類抗生素失效; 如氨基糖苷修飾酶可使氨基糖苷類失效；目前最重要的b內酰胺酶是超廣譜b內酰胺酶(Extended spectrun beta-lactamases,ESBLs) 、染色體異型酶(AmpC) 和OXA三種。ESBLs 主由質粒介導, 又可分為TEM、SHV、OXA等類型;AmpC既可由染色體介導, 也可由質粒介導, 因對頭孢菌素水解率高于青霉素類, 故又稱為頭孢菌素酶, 迄今巳達30余種 ;OXA是 ESBLs酶的一種，又稱金屬b內酰胺酶或碳青霉烯水解酶，能滅活青霉素、頭孢菌素和碳青霉烯類(培南類)抗生素,甚至能滅活酶抑制劑, 包括克拉維酸、舒巴坦和他唑巴坦。近年還出現了質粒介導的碳青霉烯水解酶, 使細菌對很多廣譜抗生素發生耐藥。值得強調的是,一種細菌的同一質粒可攜帶多類抗菌藥的耐藥基因,即同時可產生多種酶,如大腸埃希菌和肺炎克雷白桿菌可同時產生ESBLs和AmpC, 被稱為超超廣譜酶(SSBLs), 發生率前者為2.0%,后者為17.1%;2.靶部位發生改變，如細菌PBPs改變使β-內酰胺類耐藥;S12蛋白改變使鏈霉素耐藥；3.建立靶旁路系統，如細菌新建青霉素結合蛋白2`(PB2`)，使甲氧西林對金葡菌耐藥；4. 代謝途徑改變, 抗微生物藥物可與細菌生長所必須的某些物質結合, 影響其生長繁殖, 如抗磺胺類細菌能利用自已合成的葉酸, 而不需要外源性PABA;5. 膜(壁)通透性降低，如細菌膜蛋白變性、膜孔蛋白(通道蛋白或外膜蛋白)缺如或形成生物膜，使亞胺培南對銅綠假單孢菌耐藥;6. 膜泵外排，目前已知有5個家族、20多種外排泵，是四環素、氯霉素、喹喏酮類等最常見的耐藥原因，也是細菌產生MDR的主要原因。
上述機制中1, 2, 3, 4項為專一性耐藥，即對某一種或某一類抗微生物藥物耐藥，目前已成功得到控制；5,6項為非專一性耐藥，即廣譜耐藥性，目前尚難以控制。現以喹諾酮類藥物為例，其耐藥機制主要是靶酶的喹諾酮耐藥決定區（QRDR）的gyrA的Ser-81· phe或Tyr和parC的Ser-79 ·Tyr基因發生突變所致，如其中一種基因突變時為低水平耐藥，兩種基因同時突變則為高度耐藥；其次為主動外排：常見于多藥耐藥的喹諾酮類藥物。親水性的喹諾酮類如環丙沙星、司帕沙星等較疏水性的加替沙星、格帕沙星更易通過膜孔（Prone）外排；分子中C7位為大基團取代基的莫西沙星也更易外排。
防止細菌耐藥的對策
目前采取的對策有：1. 制定抗微生物藥物應用指南, 并強制實施;2. 明確各級醫療診所、醫院處方范圍,明確各級醫師處方權限;3.根據藥效學/藥動學特征制訂方案, 盡早根據藥敏試驗選藥；4.原則上盡量選用窄譜抗菌藥, 一般療程7~10d,如3d無效應更換藥品; 5.聯合用藥應有明確指征, 一般以2~3種為宜, 最好不同時使用抗菌藥、抗真菌藥、抗病毒藥、抗原蟲藥和抗結核藥, 否則既無助于感染的解決, 更增加毒副反應;6.嚴格控制預防使用和非醫療的農、林、牧、副、漁以及飼料的使用；7.采取限用策略：如輪作制，即將某些抗菌藥停用一段時期后再用，以恢復細菌對藥物的敏感性, 國家可以制定規劃, 醫院也可分期分批實施；8.大力倡導序貫療法(SAT)和門診患者腸外抗菌療法（Outpatient Parenteral artibiotic therapy, OPAT）；9.加強監控，掌握致病菌變化以及耐藥情況, 及時反饋臨床；10.實施以教育為基礎的抗微物藥物管理計劃，包括及時提供信息與建議；11.堅決制止在經濟利益驅動下濫用，應做到及時、準確診斷,正確選用抗菌藥，選擇最佳給藥途徑，使用適當劑量，決定最佳間隔時間，確定適宜療程。
為此,具體的做法是：根據藥效學和藥動學制訂給藥方案。抗微生物藥可分為兩類：①. 濃度依賴型殺菌劑：濃度越高殺菌力越強，如喹諾酮類、氨基糖苷類。其重要參數為：Cmax/MIC之比值>8～12時或AUC/MIC(即AUIC) >125～250時不但起效快, 且能有效地殺滅菌和抑制耐藥菌株產生, 臨床有效率可達>90%，故應該大劑量每日1次給藥。如氨基糖苷類為每日1次,氟喹諾酮類為每日1~2次為宜。※※②. 非濃度依賴型殺菌劑（時間依賴型）：其Cmax相對不重要，而藥物濃度維持在MIC以上的時間對預測殺菌力更為重要，如β內酰胺類抗生素在感染部位藥物濃度超過MIC的持續時間，即T>MIC為50%~60%時殺菌率最高，不同菌種要求給藥間隔時間的百分比不同。為此需要高效、長效的藥物，或每日多次給藥，或持續滴注，以維持MIC在間隔時間的50%~60%內。但應注意，當藥物濃度在MIC的4倍以上時，即使再增加藥物劑量也不會增加多少療效。反之過大劑量，還會導致全身性不良反應和耐藥幾率增加。實驗證明用青霉素和頭孢菌素治療肺炎球菌感染動物，當血藥濃度T>MIC不超過給藥間隔的20%時，死亡率為100%，如達到40%~50%或更長時間時，細菌學清除率可達90%~100%，動物均存活。手術預防應用抗菌藥能降低手術切口的感染率，但應嚴格掌握適應證，如有感染高危因素的患者；采用異體材料以及有污染的手術患者。預防應用抗菌藥的關鍵時機是致病菌侵入傷口后4小時內，理想的應用時間是使手術切口及其周圍組織中的抗菌藥濃度保持在治療水平，因此一般主張在誘導麻醉期即給予抗菌藥，如手術時間超過2或3h時，可追加一次抗菌藥，不必延長術后預防用藥時間。術前預防性應用抗菌藥并不能代替無菌手術，必要時術前應用單劑、足量抗菌藥即可。手術時間延長者，可追加一劑，術后持續預防用藥超過42小時，未能證實其優越性，但其不良后果卻十分明顯：增加醫療費用和耐藥菌株的產生，甚至誘發二重感染等。此外, 應嚴格區分抗微生物藥物全身應用和局部外用的品種, 盡量做到交叉選用, 以減少耐藥性和過敏反應。