19世紀至 20 世紀初，細菌學家依植物命名法典通過形態學和培養特性對細菌進行分類。 此種分類方法最突出的問題在于其“培養模式”無法在植物法典中使用，而且，不同研究者對于同一種微生物的描述并非一致。1930年，細菌學家意識到需要建立起細菌自身的命名法典。同年，在一次巴黎的會議上，以美國細菌學家 Buchanan 為首的委員會成立并第一次起草細菌命名法典。1936年，委員會在倫敦的一次會議上公布了《國際細菌命名法典》，其維護權交由細菌命名國際委員會。該委員會歷經了兩次更名，第一次為國際系統細菌學委員會，現為國際原核生物系統學委員會。 《國際細菌命名法典》 最近更新于1992年，由美國微生物學會出版。
1960 ~1980 年間，由于相當數量已公布名稱的細菌缺乏可靠一致的描述資料和典型菌株，引發了細菌分類學問題。 澳大利亞細菌學家Skerman 被委派解決這一問題。 隨后決定廢除當時已有的細菌名稱并重新命名。 現今使用的命名系統由Skerman及其委員會建立并于1980年1月1日開始生效。1980年，被核準的細菌名稱以《核準的細菌名錄》在隨后出版的《國際系統細菌學雜志》上發表，并于1989年進行了更新，被剔除的細菌名稱未列入。之后規定，所有新菌名必須于《國際系統細菌學雜志》上發表，此雜志現更名為《國際系統與進化微生物學雜志》 （ IJSEM）。 自 1998 年1 月以來，所有微生物科學名稱列于英特網在線數據庫中，細菌名錄每月更新。 20 世紀后期，細菌學家開始用DNA-RNA雜交技術和測定細菌G+C 含量，對細菌進行分類和命名。 進入 21 世紀，則將表型特征與 16SrRNA 測序相結合來分類和命名細菌。 由于測序的普及，可將微生物第一時間正確分類到合適的科和屬。隨著國際微生物系統分類學技術水平的不斷提高，一些微生物菌種的分類學地位發生了變遷，名稱也隨之發生變化。 現根據有關文獻對部分與醫學有關的細菌曾用名和最新名稱進行了整理，分別見表1、表 2 和表3，以方便微生物檢驗工作者在學習及鑒定過程中查閱參考。