1） 各工作區要有一定的隔離，進入工作區域應按照單一的方向進行。試劑貯存和準備區 → 標本制備區 → PCR 擴增區 → 產物分析區單一方向進行。
2） 各個區域實驗用品專用：各個區域實驗設備和物品應有明確的標記，不能混用。
3） 實驗場所要保持通風良好，嚴格監測各個工作區的溫濕度。
4）注意實驗室污染的預防。
整個 PCR 實驗的操作都需要特別注意避免污染，來自樣本的、試劑的以及實驗室各種氣溶膠，要始終保持「無核酸觀念」。
