由于人體處于復雜的微生態環境，微生物培養、鑒定、藥敏試驗的結果解讀對臨床意義重大。在臨床工作中，需規范送檢、運送、培養、鑒定、藥敏流程。每個細節都會對結果造成巨大影響。如診斷導管相關感染時，臨床需同時送檢外周血培養和導管血，必要時送檢導管尖。但臨床對血培養的送檢量、頻率、時機，概念不是特別清楚。而微生物室對結果判讀、解釋缺乏有效的機制。例如正確的導管尖端培養結果解讀應當是：菌落計數>15 CFU（提示CRS），包括G+b；進行鑒定、藥敏；菌落計數<15 CFU，僅鑒定一種重要的菌（如白念、A群、G-b）；如菌量太大，報告>100 CFU，當分離出金葡或G-b時，而未送血培養，應建議“請送血培養以診斷是否發生導管相關感染”。半定量平皿96h出報告（要參照血培養）。
治療效果和體外藥敏不一致的原因：
（1）抗菌藥物的應用會明顯降低培養的陽性率。強調在使用抗生素前留取標本。
（2）標本的正確采集和運輸常常是微生物診斷技術成功的關鍵所在。以痰培養為例，通過涂片鏡檢發現不合格者不做培養，合格標本培養在3+～4+的菌才有可能是致病菌。血培養檢查標準的采血方式是每個穿刺部位分別接種需氧和厭氧兩個瓶子，至少2個穿刺點。采血量一般是8-10ml，寒戰前1h抽血的陽性率較高。罕見的病原菌如放線菌、奴卡菌引起的皮膚軟組織感染，組織標本培養的陽性率明顯高于單純膿液的培養。標本需及時送達實驗室并及時處理，否則會造成假陰性或假陽性的結果。
（3）雖然無菌體液如血、腦脊液較呼吸道標本更可信，但無菌部位的培養也可能會污染。凝固酶陰性葡萄球菌已成為血和無菌體液培養中最常見的病原菌，美國的數據顯示其污染率高達80%以上。
（4）呼吸道標本在判斷污染或感染時常感困難。很多念珠菌可能只是定植而不是感染，需要結合臨床判斷。
（5）微生物學檢查結果需詳細了解送檢標本的質量、次數、病原檢出時間、不同部位的培養結果，等，同時結合臨床表現，綜合判斷。
（6）藥敏判定折點需要及時更新，特別要參照美國CLSI 文件。
