GFP熒光極其穩定，在激發光照射下，GFP抗光漂白（Photobleaching）能力比熒光素（fluorescein）強，特別在450～490nm藍光波長下更穩定。
GFP需要在氧化狀態下產生熒光，強還原劑能使GFP轉變為非熒光形式，但一旦重新暴露在空氣或氧氣中，GFP熒光便立即得到恢復。而一些弱還原劑并不影響GFP熒光。中度氧化劑對GFP熒光影響也不大，如生物材料的固定、脫水劑戊二酸或甲醛等。
GFP融合蛋白的熒光靈敏度遠比熒光素標記的熒光抗體高，抗光漂白能力強，因此更適用于定量測定與分析。但因為GFP不是酶，熒光信號沒有酶學放大效果，因此GFP靈敏度可能低于某些酶類報告蛋白。
由于GFP熒光是生物細胞的自主功能，熒光的產生不需要任何外源反應底物，因此GFP作為一種廣泛應用的活體報告蛋白，其作用是任何其它酶類報告蛋白無法比擬的。