張強峰博士Nature解析全基因組蛋白互作

　　來自美國哥倫比亞大學，同濟大學等處的研究人員發表了題為“Structure-based prediction of proteinCprotein interactions on a genome-wide scale”的文章，提出了一種基于三維結構信息的全基因組蛋白質相互作用計算預測方法：PrePPI，這將有助于解析蛋白之間無論是近的還是遠的幾何關系。相關成果公布在Nature雜志上。

　　文章的第一作者為美國哥倫比亞大學的張強峰博士，同濟大學電子與信息工程學院計算機科學與技術系博士生鄧磊也參與了此項研究。文章的通訊作者為哥倫比亞大學Barry Honig教授等，Honig教授是美國哥倫比亞大學計算生物與生物信息中心主任、教授，美國科學院院士，霍華德?休斯醫學研究所(HHMI)研究員，PNAS等著名國際期刊編輯。

　　蛋白質相互作用研究能夠從分子水平上揭示蛋白質的功能，幫助揭示生長發育、新陳代謝、分化和凋亡等細胞活動的規律。在全基因組范圍內識別蛋白質相互作用對是解釋細胞調控機制的重要一步。

　　隨著蛋白質相互作用實驗技術的發展，人們能夠獲得大量的蛋白質相互作用數據，甚至能夠在全基因組范圍內對蛋白質相互作用進行分析。然而，由于實驗技術的限制，很多高通量實驗方法測得的蛋白質相互作用數據的錯誤率都比較高。并且，由于待測的蛋白質對數目巨大，若要對其逐一驗證，需要花費大量的人力和物力。

　　在這篇文章中，研究人員提出了一種基于三維結構信息的全基因組蛋白質相互作用計算預測方法：PrePPI。這種方法基于蛋白的三維結構，能提供精確，覆蓋率高的預測信息。

　　研究結果表明基于結構信息的相互作用預測方法無論是在準確率還是在覆蓋度上均大大優于基于非結構信息的方法。使用三維結構信息在預測相互作用方面所取得的驚人的效果，歸功于大量使用了同源模型以及結合了蛋白質之間較近和較遠的幾何關系。此外，PrePPI還集成了其它多種功能線索，其預測結果甚至可以與高通量實驗相媲美。