一、按照不同用途，DNA合成儀可分為實驗室型，工業型和大規模合成三種主要類型。
1，實驗室型：主要指合成通量較小，且單柱合成產物為10-1000nmol的DNA合成儀，一般為合成柱數低于48柱（含）的DNA合成儀，主要適用于化學生物學實驗室，或某些剛起步的商業機構。
該類型DNA合成儀品牌較多，包括已停產的ABI391,394,3400,3900，BECKMAN oligo-1000，及仍然量產的polygen 10柱，12柱，mermade4，6,8,12,48柱；BIOSSET ASM-800， AZCO OLIGO-8等。
2， 工業型
工業型合成儀,主要指合成通量大，且單柱合成產物為10-1000nmol的DNA合成儀。工業型合成儀常見的合成柱數為96柱、192柱，384柱或更多合成柱數的合成儀較為鮮見。主要適用于大型實驗室，公用實驗平臺及商業合成機構。國內主要的商業合成機構如上海生工，北京賽百盛，上海捷瑞，華大基因，金斯特，金維斯等。
該類型DNA合成儀較實驗室型品牌相對較少，常見的品牌有美國biolytic，丹麥oligomaker，美國mermade，美國polyplex等。在歐洲，polygen 96柱合成工作站及384柱合成塔也是較常見的工業型合成儀之一。
3，大規模合成型
大規模合成型主要指單柱合成產物量可達數克，甚至數公斤的合成儀，主要用于原料藥制備等科研或商業用途。能夠提供大規模合成儀的廠家主要為GE health及國產的pilot 500。
二、按試劑堿基添加方式分類，DNA合成儀可分為電磁閥氣動驅動，蠕動泵驅動兩種類型。
1，電磁閥氣動驅動型：采用高于大氣壓的惰性氣體（氬氣，氮氣或氦氣）為堿基試劑溶液的驅動方式，通過微量電磁閥的開合添加試劑或堿基溶液。主要品牌包括ABI系列合成儀，oligomaker系列合成儀，biolytic系列合成儀，GE系列合成儀及mermade系列DNA合成儀等。
2，采用蠕動泵驅動型：采用精密蠕動泵為堿基試劑溶液的驅動方式，通過蠕動泵驅動，滑塊的相互滑動選擇添加不同堿基試劑溶液。主要品牌包括德國POLYGEN 系列DNA合成儀。
三、按產物承載容器分，可分為需要一次性合成柱，無需一次性合成儀兩類。除德國polygen系列合成儀外，其它所有品牌合成儀，如，oligomaker，mermade， ASM, POLYPLEX, ABI等都使用一次性合成柱作為合成產物的承載容器。