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  • 發布時間:2021-07-02 10:40 原文鏈接: 31項與免疫學有關的分子生物學實驗技術(二)

    十二、大腸桿菌感受態細胞(E.coli DH5α)制備

    E.coli DH5α制備主要操作步驟:

    1)挑取受體菌(DH5或DH10B)的單菌落于LB培養基中37℃搖床培養過夜(約16小時);2)取1ml過夜培養物轉接于100ml LB培養基中,在37℃搖床上劇烈振蕩培養約2.5-3小時(250-300rpm);3)將0.1M CaCl2溶液置于冰上預冷;以下步驟需在超凈工作臺和冰上操作;4)吸取1.5ml培養好的菌液至1.5ml離心管中,在冰上冷卻10分鐘;5)4℃下3000 g冷凍離心5分鐘;6)棄去上清,加入100μL預冷0.1M CaCl2溶液,用移液槍輕輕上下吸動打勻,使細胞重新懸浮,在冰放置20分鐘;7)4℃下3000g冷凍離心5分鐘;8)棄去上清,加入100μL預冷0.1M CaCl2溶液,用移液槍輕輕上下吸動打勻,使細胞重新懸浮;9 )細胞懸浮液可立即用于轉化實驗或添加冷凍保護劑(15%-20%甘油)后超低溫(-70℃)冷凍貯存備用。


    十三、堿變性提取質粒DNA

    堿變性提取質粒DNA是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性的差異而達到分離目的。在pH高達12.6的堿性條件下,染色體DNA的氫鍵斷裂,雙螺旋結構解開而變性。

    質粒DNA的大部分氫鍵也斷裂,但超螺旋共價閉合環狀的兩條互補鏈不會完全分離:當以pH4.8的NaAc高鹽緩沖液去調節其pH至中性時,變性的質粒DNA又恢復原來的構型,保存在溶液中,而染色體DNA不能復性而形成纏連的網狀結構,通過離心,染色體DNA與不穩定的大分子RNA、蛋白質-SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。


    十四、目的基因的連接、轉化及克隆篩選

    總過程:分-——PCR分離目的基因;切-——限制性內切酶切割;接-——目的基因與載體相連;轉-——轉入宿主細胞;篩-——篩選陽性重組體。

    1)分-——PCR分離目的基因:PCR克隆、同源克隆、文庫篩選;2)切-——限制性內切酶切割:粘性末端、平末端;3)接-——目的基因與載體相連;4)轉-——轉入宿主細胞;5)篩-——篩選陽性重組體。


    十五、RNA干擾(RNAi)


    RNA干擾是將一些小的雙鏈RNA通過促使特定基因的mRNA降解來高效、特異的阻斷體內特定基因表達,誘使細胞表現出特定基因缺失的表型。


    十六、cDNA 末端快速擴增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技術

    RACE技術是一種基于mRNA反轉錄和 PCR技術建立起來的、以部分的已知區域序列為起點,擴增基因轉錄本的未知區域,從而獲得mRNA(cDNA)完整序列的方法。

    簡單的說,即一種從低豐度轉錄本中快速增長cDNA5’和cDNA3’末端,進而獲得獲得全長cDNA簡單而有效的方法,目前已逐漸取代了經典的cDNA文庫篩選技術,成為克隆全長cDNA序列的常用手段。


    十七、基因文庫和cDNA文庫的構建

    基因文庫構建需要首先得到mRNA,再反轉錄得cDNA,經克隆后形成文庫。將載體導入到受體細菌或細胞中,使得細胞包含了一個基因組DNA片段與載體重組DNA分子,經過繁殖擴增,許多細胞一起包含了該生物全部基因組序列,形成的集合體叫做基因文庫。基因文庫與基因組文庫(又名基因庫)的區別在于基因文庫在mRNA拼接過程中已經除去了內含子等成分,便于DNA重組時直接使用。


    十八、mRNA差異顯示技術(DD-PCR)

    mRNA差異顯示技術是將mRNA逆轉錄技術和PCR技術相結合的一種RNA指紋圖譜技術。mRNA DDPCR 技術是對組織特異性表達基因進行分離的一種快速而行之有效的方法:從基因背景相同的2個或幾個被比較的細胞系或組織中提取總RNA,逆轉錄成cDNA ,用不同引物對,進行PCR 擴增,擴增時加入同位素標記的核苷酸。利用測序膠電泳技術分離PCR 產物,經放射自顯影即可找到差異表達的基因。


    十九、抑制差減雜交

    抑制差減雜交技術原理抑制差減雜交技術(SSH)是由Diatchenko等建立的以抑制性PCR和DNA差減雜交方法相結合的方法。其依據的主要技術有兩點:(1)消減雜交;(2)抑制PCR。經抑制差減雜交后的cDNA群體不僅富集了差異表達基因(目的基因),而且目的基因間豐度的差異經過均等化作用已基本消除,使消減后的cDNA群體為豐度一致的目的基因群體。


    二十、蛋白質芯片

    蛋白質芯片是一種高通量的蛋白功能分析技術,可用于蛋白質表達譜分析,研究蛋白質與蛋白質的相互作用,甚至DNA-蛋白質、RNA-蛋白質的相互作用,篩選藥物作用的蛋白靶點等。

    蛋白質芯片是對固相載體進行特殊的化學處理,再將已知的蛋白分子產物固定其上(如酶、抗原、抗體、受體、配體、細胞因子等),根據這些生物分子的特性,捕獲能與之特異性結合的待測蛋白(存在于血清、血漿、淋巴、間質液、尿液、滲出液、細胞溶解液、分泌液等),經洗滌、純化,再進行確認和生化分析。


    二十一、Northern blot

    Northern blot是一種通過檢測RNA的表達水平來檢測基因表達的方法,通過northern blot的方法可以檢測到細胞在生長發育特定階段或者脅迫或病理環境下特定基因表達情況。該方法首先通過電泳的方法將不同的RNA分子依據其分子量大小加以區分,然后通過與特定基因互補配對的探針雜交來檢測目的片段。


    二十二、Southern blot

    Southern blot即Southern印跡雜交,是1975年由英國人Southern創建,是研究DNA圖譜的基本技術,是進行基因組DNA特定序列定位的通用方法。該方法包括兩個主要過程:1)將待測定核酸分子通過一定的方法轉移并結合到一定的固相支持物(硝酸纖維素膜或尼龍膜)上,即印跡(blotting);2)固定于膜上的核酸與同位素標記的探針在一定的溫度和離子強度下退火,即分子雜交過程。


    二十三、熒光共振能量轉移

    熒光共振能量轉移是指在兩個不同的熒光基團中,如果一個熒光基團(供體 Donor)的發射光譜與另一個基 團(受體 Acceptor)的吸收光譜有一定的重疊,當這兩個熒光基團間的距離合適時(一般小于100?),就可觀察到熒光能量由供體向受體轉移的現象,即以前一種基團的激發波長激發時,可觀察到后一個基團發射的熒光。

    簡單地說,就是在供體基團的激發狀態下由一對偶極子介導的能量從供體向受體轉移的過程,此過程沒有光子的參與,所以是非輻射的,供體分子被激發后,當受體分子與供體分子相距一定距離,且供體和受體的基態及第一電子激發態兩者的振動能級間的能量差相互適應時,處于激發態的供體將把一部分或全部能量轉移給受體,使受體被激發,在整個能量轉移過程中,不涉及光子的發射和重新吸收。如果受體熒光量子產率為零,則發生能量轉移熒光熄滅;如果受體也是一種熒光發射體,則呈現出受體的熒光,并造成次級熒光光譜的紅移。


    二十四、雙分子熒光技術(BiFC)

    BiFC分析技術是一種直觀、快速地判斷目標蛋白在活細胞中的定位和相互作用的新技術。該技術巧妙地將熒光蛋白分子的兩個互補片段分別與目標蛋白融合表達,如果熒光蛋白活性恢復則表明兩目標蛋白發生了相互作用。

    BiFC分析利用綠色熒光蛋白(GFP)及其突變體的特性作為報告基因,將熒光蛋白分割成兩個不具有熒光活性的分子片段,再分別與目標蛋白連接。如果兩個目標蛋白因為有相互作用而靠近,就使得熒光蛋白的兩個分子片段在空間上相互靠近,重新形成活性的熒光基團而發出熒光。

    在熒光顯微鏡下,就能直接觀察到兩目標蛋白是否具有相互作用,并且在最接近活細胞生理狀態的條件下觀察到其相互作用發生的時間、位置、強弱、所形成蛋白質復合體的穩定性,以及細胞信號分子對其相互作用的影響等,這些信息對研究蛋白質相互作用有一定意義。


    二十五、雙向凝膠電泳(2-DE)

    雙向凝膠電泳的原理是第一向基于蛋白質的等電點不同用等電聚焦分離,第二向則按分子量的不同用SDS-PAGE分離,把復雜蛋白混合物中的蛋白質在二維平面上分開。

    電泳后根據蛋白質的上樣量對膠進行考馬斯亮蘭染色、銀染或熒光染色,然后用相關軟件對電泳圖象進行分析。


    二十六、mRNA的分離與純化

    mRNA的分離方法較多,以寡聚(dT)-纖維素柱層析法最為有效,已成為常規方法。此法利用mRNA 3’末端含有Poly(A+)的特點,在RNA流經寡聚(dT)纖維素柱時,在高鹽緩沖液的作用下,mRNA被特異地結合在柱上,當逐漸降低鹽的濃度時或在低鹽溶液和蒸餾水的情況下,mRNA被洗脫,經過兩次寡聚(dT)纖維柱后,即可得到較高純度的mRNA。


    二十七、His-tag純化蛋白

    His?Tag序列(6、8或10個連續的組氨酸殘基)與固定在基于NTA(氮川三乙酸鎳) -和IDA- 的His?Bind樹脂上的二價陽離子Ni2+結合。洗去未結合蛋白后,用咪唑或稍低的pH洗脫并回收目標蛋白。該通用系統使得可在溫和、非變性條件,或存在6M胍或尿素條件下純化蛋白。


    二十八、RNA酶保護試驗方法(RNase Protection Assay,RPA)

    RNA酶保護法是近十年發展起來的一種全新的mRNA定量分析方法。

    該法將標記的特異RNA探針(32P或生物素)與待測的RNA樣品液相雜交,標記的特異RNA探針按堿基互補的原則與目的基因特異性結合,形成雙鏈RNA;未結合的單鏈RNA經RNA酶A或RNA酶T1消化形成寡核糖核酸,而待測目的基因與特異RNA探針結合后形成雙鏈RNA,免受RNA酶的消化,故該方法命名為RNA酶保護實驗。


    二十九、用于流式細胞儀的IL-17家族抗體

    IL-17家族配體是誘導局部細胞因子產生的促炎癥細胞因子,并參與了免疫功能的調節,主要是變態反應。

    IL-17家族抗體包括6個成員:IL-17、IL-17B、IL-17C、IL-17D、IL-17E(也就是IL-25)和IL-17F是結構相關的蛋白,在C端附近有著保守的半胱氨酸結折疊,N端的序列差異相當大;IL-17家族成員激活三個受體——IL-17 R、IL-17B R和IL-17 RC;兩個與IL-17 R同源的孤兒受體分別命名為IL-17 RD和IL-17 RE,它們的功能配體目前還不清楚。


    三十、各種分子標記技術的比較

    1)限制性片段長度多態性(RFLP)

    RFLP是檢測DNA 在限制性內切酶酶切后形成的特定DNA 片段的大小,反映DNA 分子上不同酶切位點的分布情況,因此DNA 序列上的微小變化,甚至1 個核苷酸的變化,也能引起限制性內切酶切點的丟失或產生, 導至酶切片段長度的變化。

    RFLP可以作為遺傳標記,開創了直接應用DNA 多態性的新階段,是最早應用的分子標記技術。

    2)隨機擴增多態DNA (RAPD)

    RAPD技術建立于PCR 基礎之上的分子標記技術,基本原理是利用一個隨機引物(8~10 個堿基)通過PCR 反應非定點地擴增DNA 片段,然后用凝膠電泳分離擴增片段來進行DNA 多態性研究。對任一特定引物而言,它在基因組DNA 序列上有其特定的結合位點,一旦基因組在這些區域發生DNA 片段插入、缺失或堿基突變,就可能導至這些特定結合位點的分布發生變化,從而導至擴增產物的數量和大小發生改變,表現出多態性。

    由于RAPD獨特的檢測DNA 多態性的方式使得RAPD 技術很快滲透于基因研究的各個領域。

    3)擴增片段長度多態技術(AFLP)

    AFLP又名限制片段選擇擴增技術,是1993 年由荷蘭KEYGENE 公司的Zabean 和Vos 等發明。AFLP 是近年來迅速發展起來的一種分子標記技術,它將基因組DNA 用成對的限制性內切酶雙酶切后產生的片段用接頭(與酶切位點互補) 連接起來,并通過5′端與接頭互補的半特異性引物擴增得到大量DNA 片段,從而形成指紋圖譜的分子標記技術。

    AFLP 指紋呈孟德爾式共顯性和顯隱性遺傳。

    4)衛星DNA(SSR)

    SSR 是一類由幾個堿基組成的基序串聯重復而成的DNA 序列,其中最常見的是雙核苷酸重復,即(CA)n和(TG)n ,每個微衛星DNA 的核心序列結構相同,重復單位數目10~60 個,其高度多態性主要來源于串聯數目的不同。不同遺傳材料重復次數不同,導至了SSR 長度的高度變異性,這一變異性正是SSR 標記產生的基礎。

    4)單核苷酸多態性(SNP)

    SNP被稱為第3 代DNA 分子標記,是指同一位點的不同等位基因之間個別核苷酸的差異,這種差異包括單個堿基的缺失或插入 ,更常見的是單個核苷酸的替換,且常發生在嘌呤堿基(A 與G)和嘧啶堿基(C 與T)之間。

    SNP 標記可幫助區分兩個個體遺傳物質的差異,被認為是應用前景最好的遺傳標記。


    三十一、 時間分辨熒光免疫分析法(TRFIA)

    TRFIA 所使用的熒光標記物是鑭系稀土金屬,鑭系稀土金屬離子螯合物熒光很寬的Stokes 位移使其容易通過波長分辨方式進一步區別于背景熒光,提高方法學的穩定性。

    由于鑭系稀土金屬離子螯合物有很長的熒光壽命(微秒級),有別于傳統熒光的短熒光壽命,使其能通過時間分辨方式區別于背景熒光(鈉秒級),正是由于熒光衰變時間長,可以延緩測量時間,待測樣品中短壽命的本底熒光衰變后再測稀土離子的特異熒光,因此可完全消除本底熒光的干擾。

    備注:本文統計或不完全,歡迎補充,內容綜合自網絡和《生物實驗室系列——分子免疫學實驗指南》一書。


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