可以通過電子學方法有效地控制和改善圖像質量, 如亮度及反差自動保持, 試樣傾斜角度校正, 圖象旋轉, 或通過Y調制改善圖象反差的寬容度, 以及圖象各部分亮暗適中。采用雙放大倍數裝置或圖象選擇器, 可在熒光屏上同時觀察放大倍數不同的圖象。
可進行綜合分析。裝上波長色散X射線譜儀(WDX) 或能量色散X射線譜儀 (EDX) , 使具有電子探針的功能, 也能檢測樣品發出的反射電子、X射線、陰極熒光、透射電子、俄歇電子等。把掃描電鏡擴大應用到各種顯微的和微區的分析方式, 顯示出了掃描電鏡的多功能。另外, 還可以在觀察形貌圖象的同時, 對樣品任選微區進行分析；裝上半導體試樣座附件, 通過電動勢象放大器可以直接觀察晶體管或集成電路中的PN結和微觀缺陷。由于不少掃描電鏡電子探針實現了電子計算機自動和半自動控制, 因而大大提高了定量分析的速度。