一、手足口病的診斷：
（一）臨床診斷：
1在流行季節發病，常見于學齡前兒童，嬰幼兒多見。
2 發熱伴手、足、口、臀部皮疹，部分病例可無發熱。
（二）確診：
臨床診斷基礎上，具有下列之一者即可確診：
1 腸道病毒（COxA16 、EV71等）特異性核酸檢測陽性。
2 分離出病毒。
3 血清IgM抗體檢測陽性。
4 血清IgG抗體由陰性轉為陽性或4倍以上增高。
二、手足口病的診斷標準：
（一）普通病例：手、足、口、臀部皮疹，伴或不伴發熱。
（二）重癥病例（重型）：出現神經系統受累表現。如：精神差、嗜睡、易驚、譫妄；頭痛、嘔吐；肢體抖動，肌陣攣、眼球震顫、共濟失調、眼球運動障礙；無力或急性弛緩性麻痹；驚厥。體征可見腦膜刺激征，腱反射減弱或消失。
（三）重癥病例（危重型）：出現下列情況之一者：
1 頻繁抽搐、昏迷、腦疝。
2 呼吸困難、紫紺、血性泡沫痰、肺部羅音等。
3 休克等循環功能不全表現。
三、手足口病的鑒別診斷：
（一）其他兒童發疹性疾病
與丘疹性蕁麻疹、水痘、不典型麻疹、幼兒急疹、帶狀皰疹以及風疹等鑒別。
根據流行病學特點、皮疹形態、部位、出疹時間、有無淋巴結腫大以及伴隨癥狀等進行鑒別以皮疹形態及部位最為重要。最終可依據病原學和血清學檢測進行鑒別。
（二）脊髓灰質炎
重癥手足口病合并急性弛緩性癱瘓（AFP）時需與脊髓灰質炎鑒別。后者主要表現為雙峰熱，病程第2周退熱前或退熱過程中出現弛緩性癱瘓，病情多在熱退后到達頂點，無皮疹。
（三）肺炎
重癥手足口病可發生神經源性肺水腫，應與肺炎鑒別。肺炎主要表現為發熱、咳嗽、呼吸急促等呼吸道癥狀，一般無皮疹，無粉紅色或血性泡沫痰；胸片加重或減輕均呈逐漸演變，可見肺實變病灶、肺不張及胸腔積液等。