正常培養的細胞自噬活性很低，不適于觀察，因此，必須對自噬進行人工干預和調節，經報道的工具藥有：
（一）自噬誘導劑
1）bredeldin
a
/
thapsigargin
/
tunicamycin
：模擬內質網應激
2）carbamazepine/
l-690，330/
lithium
chloride（氯化鋰）：impase
抑制劑（即inositol
monophosphatase，肌醇單磷酸酶）
3）earle's平衡鹽溶液：制造饑餓
4）n-acetyl-d-sphingosine（c2-ceramide）：class
i
pi3k
pathway抑制劑
5）rapamycin：mtor抑制劑
(最常用)
6）xestospongin
b/c：ip3r阻滯劑
（二）自噬抑制劑
1）3-methyladenine（3-ma）：（class
iii
pi3k）
hvps34
抑制劑
2）bafilomycin
a1：質子泵抑制劑
3）hydroxychloroquine（羥氯喹）
除了選用上述工具藥外，一般還需結合遺傳學技術對自噬相關基因進行干預：包括反義rna干擾技術（knockdown）、突變株篩選、外源基因導入等。
（三）自噬檢測方法：
細胞經誘導或抑制后，需對自噬過程進行觀察和檢測，常用的策略和技術有：
1）western
blot檢測lc3的切割
利用western
blot檢測lc3-ii/i比值的變化以評價自噬形成。自噬形成時，胞漿型lc3會酶解掉一小段多肽形成lc3-i，lc3-i跟pe結合轉變為（自噬體）膜型（即lc3-ii），因此，lc3-ii/i比值的大小可估計自噬水平的高低。
2）在熒光顯微鏡下采用gfp-lc3單熒光體系/mrfp-gfp-lc3雙熒光體系等融合蛋白來示蹤自噬形成：
gfp-lc3
單熒光自噬指示體系：
利用lc3在自噬形成過程中發生聚集的原理，開發出gfp-lc3指示技術：無自噬時，gfp-lc3融合蛋白彌散在胞漿中；自噬形成時，gfp-lc3融合蛋白轉位至自噬體膜，在熒光顯微鏡下形成多個明亮的綠色熒光斑點，一個斑點相當于一個自噬體，可以通過計數來評價自噬活性的高低。但是綠色斑點增多并不一定代表自噬活性增強，也有可能是自噬溶酶體降解途徑受阻，可以通過western
blot
檢測游離的gfp、p62來驗證。
另一種方法是利用mrfp-gfp-lc3
。
mrfp-gfp-lc3
雙熒光自噬指示體系：
由于分子生物學的發展，現在已經誕生了mrfp-gfp-lc3
雙熒光自噬指示體系，用于標記及追蹤lc3以及自噬流的變化。其中gfp是酸敏感型gfp蛋白，而mrfp是穩定的熒光表達基團，不受外界影響。由于自噬小體進入第二階段后，與溶酶體進行融合，形成自噬溶酶體。自噬溶酶體由于溶酶體內部的酸性環境，可以導致ph下降，gfp淬滅，因此，gfp的減弱可指示自噬溶酶體形成的順利程度，gfp越少，則從自噬小體到自噬溶酶體階段流通得越順暢。反之，自噬小體和溶酶體融合被抑制，自噬溶酶體進程受阻。mrfp是一直穩定表達的，因而可以通過gfp與mrfp的亮點比例來評價自噬流進程。
mrfp-gfp-lc3
雙熒光自噬指示體系的出現，把自噬研究帶入了一個新的階段，自噬不再只是指標，而是一種機制，自噬流的順暢與否，對于細胞生理功能的穩定非常關鍵。
3）透射電鏡下觀察自噬體的形成：
自噬經歷了：吞噬泡(phagophore)--自噬小體(autophagosome)--自噬溶酶體(autolysosome)
透射電鏡下吞噬泡(phagophore)的特征為：新月狀或杯狀，雙層或多層膜，有包繞胞漿成分的趨勢。自噬小體(autophagosome)的特征為：雙層或多層膜的液泡狀結構，內含胞漿成分，如線粒體、內質網、核糖體等。自噬溶酶體(autolysosome)的特征為：單層膜，胞漿成分已降解。