近年來，溶劑體系的選擇范圍越來越寬泛，有人提出用超臨界二氧化碳做流動相，利用它的高擴散性、低粘度、流體特性及環境友好等其他溶劑不可比擬的優勢分離化合物，還有人提出用制冷劑做流動相的可能性。還有人提出將三相溶劑體系用于高速逆流色譜分離中，可以對寬極性范圍的樣品進行很好的分離。目前三相溶劑還只用于標準品混合物的分離，還沒能用于具體天然產物的分離，相信進行進一步的發展在復雜天然產物以及藥物的分離中有很大應用前景。 pH區帶逆流色譜是一種最新發展起來的制備色譜技術，
它能使樣品的負載容量提高10倍以上，即使含量很低的物質也能得到高度濃縮。它是在固定相和流動相中加入一對試劑——保留劑和洗脫劑，保留劑用來把樣品中的各組分保留在管柱內，當含有洗脫劑的流動相以一定流速穿過固定相時，由于酸堿反應最終達到平衡。以保留劑在兩相中的濃度比標度分配系數保留劑的分配系數，溶質的分配系數與標度值的差異決定了溶質的出峰時間，根據不同組分的Pka和疏水性的不同而實現分離。其色譜峰呈逐一連接的高度濃縮的重疊很少的矩形峰狀，很像替代色譜的色譜峰形。
離子對逆流色譜是在固定相中加入適當的配體，以提高溶質在固定相中的保留值，改進峰分離度，已廣泛用于天然藥物中肽類成分、生物堿與氨基酸等的分離。二元模式逆流色譜法以同一兩相分配溶劑系統洗脫，既可用于正相洗脫也可用于反相洗脫。HSCCC與質譜等其他技術的聯用也是當前的研究熱點，它把HSCCC分離的多樣性與質譜的高靈敏度檢測和結構分析特性良好地結合在一起，前景十分看好。
