氣相色譜柱的極性和非極性主要有柱種類、分離順序、柱溫三種區別。
1、柱種類不同：
氣相色譜柱非極性固定液的柱子包括烴類和硅氧烷類；氣相色譜柱極性固定液的柱子主要是聚乙二醇類。
2、分離順序不同：
氣相色譜柱非極性柱分離順序主要是根據試液沸點，而氣相色譜柱極性柱子分離順序除了沸點之外還和物質的極性有關系。
3、柱溫不同：
氣相色譜柱極性柱子的使用溫度比氣相色譜柱非極性柱子的使用溫度更低，這特性使得氣相色譜柱非極性柱子更適合沸點高的物質分析。
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