均質結束之后，立即用溫水、0.5M NaOH循環清洗，最后再用清水沖洗，在此過程中，可適當地加氣加壓沖洗，加快循環，使管路沖洗更為快速和徹底，最后再用50%酒精循環沖洗1-2遍，即可完成整個清洗過程。在管路清洗結束之后，將70%酒精溶液充滿樣品罐和管路，以備下次使用。若是需要對整個管路滅菌處理，則在清洗結束之后，對管路進行10min左右的熱蒸汽循環滅菌。
最后，關機、切斷電源，關氣源和冷卻水等。
