流式細胞儀的分選功能是由 細胞分選器來完成的。總的過程是：由噴嘴射出的液柱被分割成一連串的小水滴，根據選定的某個參數由邏輯電路判明是否將被分選，而后由充電電路對選定 細胞液滴充電，帶電液滴攜帶細胞通過靜電場而發生偏轉，落入收集器中；其它液體被當作廢液抽吸掉，某些類型的儀器也有采用捕獲管來進行分選的。
穩定的小液滴是由流動室上的壓電晶體在幾十KHz的 電信號作用下發生振動而迫使液流均勻斷裂而形成的。一般液滴間距約數百μm。實驗 經驗公式f=v/4.5d給出形成穩定水滴的振蕩信號頻率。其中v是液流速度，d為噴孔直徑。由此可知使用不同孔徑的噴孔及改變液流速度，可能會改變分選效果。使分選的含細胞液滴在 靜電場中的偏轉是由充電電路和偏轉板共同完成的。充電電壓一般選+150V，或-150V；偏轉板間的電位差為數千伏。充電電路中的充電脈沖發生器是由邏輯電路控制的，因此從參數測定經邏輯選擇再到脈沖充電需要一段延遲時間，一般為數十ms。精確測定延遲時間是決定分選質量的關鍵，儀器多采用移位寄存器數字電路來產生延遲。可根據具體要求予以適當調整。