線性離子阱質譜儀的功能簡介：
1、可升級的電子轉移裂解（ETD)模塊可以提供傳統裂解方法無法得到的蛋白質翻譯后修飾信息；
2、脈沖碰撞能量誘導解離（PQD)功能可以提供低質量端碎片離子信息；
3、高選擇MS/MS分析給譜圖在數據庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結構確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關MS3數據關聯掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和回旋共振質譜組合成先進的多級高分辨雜交質譜儀；
4、自動數據依賴性多級質譜采集技術不僅為用戶提供預測代謝物結構信息，也能提供未預測到的代謝物結構信息。此外使用自動固定中性丟失數據依賴性掃描觸發三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetworksTM 和Mass Frontier分析軟件增強復雜基質中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。