與減毒活疫苗相比滅活疫苗采用的是非復制性抗原（死疫苗），因此，其安全性好，但免疫原性也變弱，往往必須加強免疫。
需要注意的是，并不是所有病原體經滅活后均可以成為高效疫苗：其中一些疫苗是高效的，如索爾克注射用脊髓灰質炎疫苗（IPV）或甲肝疫苗；其它則是一些低效、短持續期的疫苗，如滅活后可注射的霍亂疫苗，幾乎已被放棄；還有一些部分滅活疫苗的效力低，需要提高其保護率和免疫的持續期，如傳統的滅活流感和傷寒疫苗。這些低效疫苗大多數將被新型疫苗代替。
