用于PCR的標準緩沖液見PCR操作范例。于72℃時，反應體系的pH值將下降1個單位，接近于7.2。二價陽離子的存在至關重要，影響PCR的特異性和產量。實驗表明，Mg2 優于Mn2 ，而Ca2 無任何作用。
1．Mg2 濃度Mg2 的最佳濃度為1.5mmol/L（當各種dNTP濃度為200mmol/L時），但并非對任何一種模板與引物的結合都是最佳的。首次使用靶序列和引物結合時，都要把Mg2 濃度調到最佳，其濃度變化范圍為1～10mmol/L。Mg2 過量易生成非特異性擴增產物，Mg2 不足易使產量降低。
樣品中存在的較高濃度的螯合劑如EDTA或高濃度帶負電荷的離子基團如磷酸根，會與Mg2 結合而降低Mg2 有效濃度。因此，用作模板的DNA應溶于10mmol/l Tris-HCl(pH7.6)0.1mmol/L EDTA中。
dNTP含有磷酸根，其濃度變化將影響Mg2 的有效濃度。標準反應體系中4×dTNPs的總濃度為0.8mmol/L，低于1.5mmol/L的Mg2 濃度。因此，在高濃度DNA及dNTP條件時，必須相應調整Mg2 的濃度。
2．Tris -HCl緩沖液在PCR中使用10～50mmol/L的Tris –HCl緩沖液，很少使用其他類型的緩沖液。Tris緩沖液是一種雙極化的離子緩沖液，pKa為8.3(20℃),△pKa為0.021/℃。因此，20mmol/l Tris pH8.3(20℃)時，在典型的熱循環條件下，真正的pH值在7.8～6.8之間。
3．KCl濃度K 濃度在50mmol/L 時能促進引物退火。但研究表明，NaCl濃度在50mmol/L時，KCl濃度高于50mmol/L將會抑制Taq酶的活性，少加或不加KCl對PCR結果沒有太大影響。
4．明膠明膠和BSA或非離子型去垢劑具有穩定酶的作用。一般用量為100μg/ml，但現在的研究表明，加或不加都能得到良好和PCR結果，影響不大。
5．二甲基亞砜（DMSO）在使用Klenow片段進行PCR時DMSO是有用的；加入10%DM－SO有利于減少DNA的二級結構，使（G C）%含量高的模板易于完全變性，在反應體系中加入DMSO使PCR產物直接測序更易進行，但超過10%時會抑制Taq DNA聚合酶的活性，因此，大多數并不使用DMSO。