（一）引物的量
引物在PCR反應中的濃度一般在0.1～1μmol/L之間。濃度過高易形成引物二聚體且產生非特異性產物。一般來說用低濃度引物經濟、特異，但濃度過低，不足以完成30個循環的擴增反應，則會降低PCR的產率。
（二）TaqDNA聚合酶的量
典型PCR反應混合物中，所用酶濃度為2.5U/μl，常用范圍為1～4U/100μl。由于DNA模板的不同和引物不同，以及其它條件的差異，多聚酶的用量亦有差異，酶量過多會導致非特異產物的增加。
由于生產廠家所用兵配方、制造條件以及活性定義不同，不同廠商供應的TaqDNA聚合酶性能也有所不同。
Cetus公司酶定義是：1個酶單位是指在以下分析條件下，于74℃，30min內使10nmmol的dNTP摻入酸不溶性成分所需的酶。測定時間為10min，折算成30min摻入量。
分析條件為25nmol/L TAPS（三羥基-甲基-氨基丙烷磺酸鈉pH9.3.25℃），50mmol/l KCl，2mmol/L MgCl2.1mmol/L β-ME（巰基乙醇），dATP、dTTP、dGTP各200mmol/L，dCTP為100mmol/L(由不標記及α-32P標記混合)，12.μg變性鯡魚精子DNA，最終體積50μl。