CRISPR （Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats）是細菌用來抵御病毒侵襲/躲避哺乳動物免疫反應的基因系統。科學家們利用RNA引導Cas9核酸酶可在多種細胞（包括iPS）的特定的基因組位點上進行切割，修飾。 Rudolf Jaenisch 研究組將Cas9與Te1和Tet2特異的sgRNA共注射到小鼠的受精卵中，成功得到雙基因敲除的純合子小鼠，效率高達80%。 他們將Cas9/sgRNA 與帶突變序列的引物共注射，能準確在小鼠兩個基因引入所要的點突變。在ES細胞中他們更是成功的一次敲除了五個基因。與ZFN/TALEN相比，CRISPR/Cas更易于操作，效率更高，更容易得到純合子突變體，而且可以在不同的位點同時引入多個突變。但該系統是否有脫靶效應尚需進一步的研究。
傳統的轉基因和基因打靶技術，由于技術穩定成熟，可以對小鼠和大鼠的基因組序列進行各種修飾，仍將是模式動物的構建的主要技術。 核酸酶ZFN/TALEN 尤其是CRISPR/Cas技術如果能解決脫靶效應的話，有可能會廣泛應用于小鼠，大鼠及其他模式動物的制備和研究中，成為傳統的轉基因和基因打靶技術的重要補充。