體內生理性抗凝物質可分為絲氨酸蛋白酶抑制物、蛋白質C系統、組織因子途徑抑制物和肝素。
一、抗凝血酶Ⅲ
通過與凝血酶和凝血因子IXa、Xa、Ⅻa等分子活性中心的絲氨酸殘基結合，從而抑制它們的活性。肝素可使抗凝血酶Ⅲ的抗凝作用增強2000倍。
二、蛋白質C系統
1.滅活凝血因子Va、Ⅷa，抑制凝血因子X及凝血酶原的激活。
2.促進纖維蛋白溶解。
三、組織因子途徑抑制物(TFPI)
TFPI是體內主要的生理性抗凝物質，其先與凝血因子Xa結合而抑制后者的催化活性，同時TFPI變構與凝血因子VIIa-組織因子復合物結合，形成四合體滅活凝血因子Ⅶa-組織因子復合物，負反饋的抑制外源性凝血途徑。
四、肝素
1.增強抗凝血酶Ⅲ的活性而發揮間接抗凝作用。
2.刺激血管內皮細胞釋放TFPI而抑制凝血過程。