脫氣不佳，有氣泡在溶劑中為氣泡產生的原因，對這樣的溶劑直接使用時，就會從溶液中逸出氣泡，特別是低壓混合系統，氣泡很容易產生并聚集在泵頭，流動相可能在泵頭釋放出氣泡以便吸液時泵頭有負壓產生。
除此以外，泵頭內會陷入泵入口管路而形成的非常微小的氣泡，大氣泡會由這些小氣泡聚成，從而使壓力產生波動。如下是在泵頭內有氣泡會導致的麻煩。
1.若氣泡在單向閥內，如此會導致單向閥的寶石球不能夠正常運動而與閥座密封不嚴,就會造成溶劑倒流的現象，降低了流量，使得壓力產生波動。
2.如果氣泡很多，將整個泵腔占據，雖然柱塞桿運動,然而僅可以將空氣吸入或排出，流動相輸入輸出沒有，沒有流量。
3.如果沒有很多的氣泡，那么隨柱塞桿的往復運動會將氣泡壓縮和釋放,這時流動相的流量達不到設定值。