衍生化的結果若使衍生物的離子化單位（IP）比母體低，則在不改變最低峰電位（AP）的情況下必然增加譜圖中分子離子峰的相對強度。例如，丙酮可以看做異丙醇的氧化產物，即異丙醇氧化衍生物，前者的IP為9.92eV，AP11.leV，后者的IP為10.27eV，AP11.4eV，故前者的分子離子峰強度為基峰的40%，而后者則為基峰的0.5%。實際上，試圖增加分子離子峰強度往往是在這樣的情況，即未衍生化前該化合物較難通過氣相色譜柱而要求高的工作溫度，由此在高的進樣口溫度下易發生部分熱分解，這無疑降低了分子離子峰強度，且此時得到的質譜圖并不反映原來的分子結構。衍生化后，當然可獲得明顯增強的分子離子峰信息。若用直接進樣的方式，這些化合物中會有一些不必通過衍生化法能夠獲得包含分子離子峰在內的質譜圖。但是，此過程中也會發生少部分樣品的熱分解，對定量會產生不利的影響。
其次，靈敏度也明顯不如氣相色譜的進樣方式。盡管這樣，還是有一部分化合物用直接進樣仍然得不到理想的結果。例如，十二烷二酸，其直接進樣方式質譜圖缺少分子離子峰，僅有相對強度低于2%的M＋H峰和熱解產物的峰（5%）。如果制成它的二乙酯衍生物，則分子離子峰達10%且有強的高質量碎片峰，如M-C2H5O（80%）和M-CHCOOCHs（90%），衍生化的優點是很明顯的。